lunes, 28 de septiembre de 2009

Gestión de plagas en Andalucia: ¿Es efectiva la fumigación de rodales para combatir la procesionaria?

Anualmente la Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Andalucía invierte cerca de un millón o millón y medio de euros en la fumigación de rodales atacados por procesionaria. Sin embargo, cabe preguntarse si dicha medida es efectiva y si la disminución de los brotes de procesionaria responde a una respuesta a la fumigación o, por el contrario, forma parte de los ciclos naturales de esta plaga. Responder a esta pregunta es, por tanto, de gran importancia para la gestión si se quieren minimizar los costes de tratamientos que son, a veces, tan caros como ineficaces.

Para ello, nuestro grupo de investigación ha trabajado con una base de datos recopilada por la Junta de Andalucía (una de las aplicaciones desarrolladas para la Red de Daños y Equilibrios)
que contiene información sobre el grado de afectación de los rodales forestales y de los tratamientos aplicados sobre dichos rodales desde 1992 hasta la fecha. Anteriormente se analizó el potencial de una versión preliminar de esta base de datos para el análisis de patrones espacio-temporales de la procesionaria en Andalucía. En este estudio, nos centraremos en la respuesta de la procesionaria en rodales sometidos a fumigación y no tratados. La metodología utilizada es sencilla y consta de los siguientes pasos:
  1. Selección de rodales con un grado de afectación de 3 o más (la escala ordinal utilizada va de 0 a 5, en dónde 3 = defoliación fuerte y bolsones numerosos en los bordes del rodal y algo de defoliación en el centro del rodal) que hayan sido sometidos en el otoño de ese mismo año (septiembre-octubre) a fumigación aérea con objeto de controlar la plaga (los datos más completos se tienen sólo para el período 2002-2005 y es con estos datos con los que se han realizado los sucesivos análisis). Hay que puntualizar que, en principio, sólo se fumigan rodales con un grado de afección de 3 o más, y por eso tomamos este criterio a la hora de seleccionar los rodales para el análisis.
  2. Cálculo de un "índice de recuperación", que se calcularía como la diferencia entre el grado de afectación de un año y el siguiente. Si un año el rodal ha sido asignado a un nivel de daño 3 y en el siguiente año, el grado de afección disminuye, el índice tendría un valor negativo e indicaría una buena recuperación del rodal.
  3. Selección de rodales con un grado de afectación de 3 o más que no hayan sido fumigados. Las muestras se aparean de tal forma que, en cada año, cada rodal con un grado de afectación de 3 o más fumigado se "empareja" con el rodal más próximo geográficamente que también haya tenido un grado de afectación de 3 o más pero que no haya sido fumigado.
  4. Se utiliza un test de la t pareado para comparar los índices de recuperación de rodales tratados y no tratados en cada una de las cuatro especies principales de pino (Pinus halepensis, P. nigra, P. pinaster y P. pinea). Para P. sylvestris no hubo una muestra suficientemente representativa cómo para realizar un test estadístico.
Los resultados mostraron que no hay diferencias significativas en el índice de recuperación de rodales fumigados y no fumigados para las cuatro especies: (Figura 1) Pinus halepensis (p-value = 0.7738), P. nigra (p-value = 0.6987), P. pinaster (p-value = 0.2939) y P. pinea (p-value = 0.4793). Esto indica claramente que, cuando menos, no hay evidencias de que los rodales sometidos a fumigación se recuperen antes que los rodales no fumigados y por tanto cuestiona la validez de esta práctica tan habitualmente usada en la gestión forestal.

Figura 1. Distribuciones del índice de recuperación de rodales forestales fumigados (línea contínua) y no fumigados (línea discontínua). Las barras verticales indican la media de las distribuciones de este índice para cada grupo en cada una de las cuatro especies analizadas: P. halepensis (n = 19 pares de rodales), P. nigra (n = 26 pares de rodales), P. pinaster (n = 14 pares de rodales), P. pinea (n = 71 pares de rodales).

Por otro lado, la Comisión Europea quiere prohibir con carácter general, o como mínimo restringir al máximo, el uso de la fumigación aérea en la UE por los daños que este método puede provocar sobre el medioambiente y la salud de las personas.

Queda claro el mensaje, si no es efectivo y encima causa riesgos innecesarios ¿para qué se siguen fumigando miles de hectáreas cada año?

miércoles, 16 de septiembre de 2009

Acortar las URL largas en documentos

Un pequeño inconveniente que surge cuando se prepara material didáctico (o informes) es que las URL que se citan (a veces para referirse a datos subidos en una dirección web, o documentos que se pueden descargar on-line) son muy largas. Esto supone un inconveniente si los estudiantes tienen que reescribir toda la dirección, pudiendo dar lugar a errores y perder un tiempo innecesario. Otro problema que he encontrado más recientemente es que en Lyx (ver entrada del 7 de septiembre de 2009), las URL largas quedan fuera de los márgenes del documento, ya que el programa interpreta la URL (o gran parte de ella) como una única palabra. Esto hace que no se lea la dirección completa y que estéticamente quede mal.

Posiblemente esto sea debido a un bug del programa, aunque he tenido exactamente el mismo problema al escribir entradas en el blog. En cualquier caso, aunque estoy seguro de que debe de haber una solución al problema dentro del propio programa, he encontrado una solución alternativa que implica el uso de TinyURL.
TinyURL crea una URL pequeña a partir de la URL introducida. Esta URL es mucho más cómoda de manejar y además es permanente. Espero que esta herramienta sea de utilidad a los usuarios. ¡A mi me ha simplificado mucho la vida!

lunes, 7 de septiembre de 2009

Lyx y Sweave

Lyx es un procesador de texto que promueve la edición de textos basándose en la estructura del documento, y no sólamente en su apariencia. En la terminología anglosajona ésto es lo que se denomina WYSIWYM (What You See Is What You Mean), frente al enfoque adoptado por otros procesadores, como Word u OpenOffice, que se encuadran más dentro del concepto WYSIWYG (What You See Is What You Get).

¿Qué significa ésto? Básicamente, que no tenemos que preocuparnos por editar lo que escribimos. Lyx, de manera inteligente, asume el rol de editor del documento y nosotros sólo tenemos que definir qué parte del texto es qué. De esta manera, si a Lyx le decimos que una parte del texto es el resumen, no hace falta darle un formato determinado, Lyx lo hace por nosotros.

En Lyx tenemos distintas clases que vienen establecidas por defecto. Las clases definen los argumentos de ese documento. Así tenemos una clase que es 'Artículo', otra que es 'Libro', otra 'Carta', y así sucesivamente. Dentro de cada clase hay distintos ambientes (Environments). Un ambiente es una parte del texto que va a tener un determinado formato, por ejemplo: un título, un resumen, un autor, una sección, las referencias, etc.

Principales diferencias de Lyx con otros editores de texto
  1. Una de las principales características de Lyx es que no se pueden introducir espacios de más con el tabulador o el Enter. Esto es porque Lyx asume que nosotros no debemos dejar espacios para separar una determinada sección de otra. De nuevo, esta es la misión del programa. Así se busca que el usuario se centre en los contenidos mientras que el programa se encarga del formato.
  2. Las secciones y subsecciones, así como los listados, se enumeran automáticamente si introducimos o eliminamos cualquier elemento nuevo en el texto.
  3. Las figuras se ajustan al texto de manera automática. No tenemos que preocuparnos por su ubicación exacta y ésta se actualiza si modificamos el texto asociado.
Cómo instalar Lyx

Lyx es un editor de texto basado en Latex. Por tanto, para instalar Lyx en Ubuntu es conveniente que instalemos todos los paquetes relacionados con Latex. Si queremos que funcionen los acentos cuando escribamos en Español es importante que vayamos a Documents-Settings y especifiquemos que Language = Spanish y Encoding = utf8.

Lyx y Sweave

Una de las ventajas principales de Lyx (y por la cúal he empezado a aprender a utilizarlo) es que funciona bien con Sweave, un programa que permite escribir y decodificar código en R dentro de Lyx. Esto es de gran utilidad a la hora de escribir manuales de R o informes que contengan código o el resultado de la implementación de un código en R. Podemos elegir si queremos que el código que escribimos en el documento se vea, que sólamente se vea el resultado o ambos. Al actualizar cualquier parte del código se actualizan automáticamente los resultados obtenidos. Sin embargo, si el código contiene algún error, entonces no es posible decodificar y, por tanto, exportar a pdf o a cualquier otro formato, el documento. en cuestión Esto actúa en cierta manera como control de calidad del código que escribamos dentro del documento. Al escribir manuales de R en OpenOffice me he encontrado a veces con errores que se hacen patentes cuando los alumnos tratan de implementar el código, simplemente porque no he verificado correctamente todo el código al escribir el manual. Esto no pasa con Lyx.

Instalar Sweave

Para instalar Sweave basta con seguir las instrucciones dadas en INSTALL en la siguiente dirección:

http://cran.r-project.org/contrib/extra/lyx/

En Linux no hay que preocuparse mucho por los pasos 4 y 6. Basta con mirar que, una vez que se ha reconfigurado Lyx (Tools-Reconfigure), tengamos en Documents-Settings-Document class la clase 'article (Sweave-noweb)'.

Para empezar a utilizar código en R dentro de los documentos conviene empezar con algo que ya esté escrito, para ver cómo hay que empezar y finalizar las líneas de código. Encontraremos algunos ejemplos en la página anterior (Sweave-test-1.lyx y test.lyx).
En esencia, para escribir algo de código dentro de un documento de Lyx, la estructura que hay que seguir es la siguiente:

<<>>=
hist(rnorm(100))
@


Se puede encontrar más información y algunos ejemplos de manuales de R escritos en Lyx en la página de Duncan J. Golicher.

Buscar entradas