tag:blogger.com,1999:blog-53798326917409390052024-03-13T03:25:34.927+01:00Luis CayuelaActividades de investigación y docenciaLuis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.comBlogger60125tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-20127651540129249592013-07-05T09:04:00.000+02:002013-07-05T09:04:14.146+02:00Curso de Análisis de datos ecológicos en R - V Edición<div style="text-align: justify;">
Se abre ya el plazo de matriculación de la <b>V Edición del Curso de Análisis de datos ecológicos en R</b>, que desde hace años vengo impartiendo en el <a href="http://www.upo.es/ceicambio/socios/corporaciones_centros_tecnologicos/ceama" target="_blank">Centro Andaluz de Medio Ambiente</a> de Granada. Este año será en octubre, del <b>14 al 18</b>, con una duración de <b>32 horas</b>.</div>
<div style="text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
El curso está dirigido a estudiantes, fundamentalmente de postgrado, profesores e investigadores con conocimientos básicos de estadística, que deseen aprender el manejo de R para el análisis de datos en ecología. El curso ofrece la oportunidad de aprender el manejo de una herramienta muy potente y versátil para el análisis de datos, por lo que contribuirá a la formación técnica de alumnos de postgrado con un perfil investigador, así como de investigadores postdoctorales y profesores.</div>
<div style="text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
Normalmente las plazas se cubren en el plazo de apenas unos días, así que recomiendo a quien esté interesado en asistir que contacte con la <a href="https://fundacionugrempresa.es/web/index.php?option=com_listajax&Itemid=222&lang=es" target="_blank">Fundación General Empresa - Universidad de Granada</a> (<a href="mailto:cursos@fundacionugrempresa.es">cursos@fundacionugrempresa.es</a>) para inscribirse.</div>
<div style="text-align: justify;">
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi7jaVc5s5VP0DC7Mmz0TSmB-6FCOYpF8WxWHL3vkZGKtlfhY2hnv81FETn-E7VPQfDHO-nPha18Cz7T-zAjb_CRXuoZmNkN_4TCDpkywwAEL2vwXT7pMp7bW1vJu8MJrPK6NV64OUmWey6/s1169/triptico++ANALISIS+DE+DATOS+ECOLOGICOS+EN+R_pag1.jpeg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="226" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi7jaVc5s5VP0DC7Mmz0TSmB-6FCOYpF8WxWHL3vkZGKtlfhY2hnv81FETn-E7VPQfDHO-nPha18Cz7T-zAjb_CRXuoZmNkN_4TCDpkywwAEL2vwXT7pMp7bW1vJu8MJrPK6NV64OUmWey6/s320/triptico++ANALISIS+DE+DATOS+ECOLOGICOS+EN+R_pag1.jpeg" width="320" /></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgyzeLc_Zm76ZwDG6y82Xb3DqIIy4gvoDFqimgIwUpQnFD9qmDBlv15AjmDwpaXG-_gE5vY21huP0dVPsDZW_wiujZh5Nf8BqjRhj8W2d4O69KnlTy6GZnh906xo3V_jjmag2XSm-U2CFdp/s1169/triptico++ANALISIS+DE+DATOS+ECOLOGICOS+EN+R_pag2.jpeg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="226" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgyzeLc_Zm76ZwDG6y82Xb3DqIIy4gvoDFqimgIwUpQnFD9qmDBlv15AjmDwpaXG-_gE5vY21huP0dVPsDZW_wiujZh5Nf8BqjRhj8W2d4O69KnlTy6GZnh906xo3V_jjmag2XSm-U2CFdp/s320/triptico++ANALISIS+DE+DATOS+ECOLOGICOS+EN+R_pag2.jpeg" width="320" /></a></div>
Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-24668741562494245962013-06-24T17:08:00.002+02:002013-07-05T09:10:41.016+02:00Máster en caracterización y conservación de la diversidad biológica<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: x-small;">Está abierto el plazo de <a href="http://www.urjc.es/estudios/masteres_universitarios/" target="_blank">preinscripción</a> en el <a href="http://masterbiodiversos.weebly.com/index.html" target="_blank"><b>Máster Universitario en Técnicas de Caracterización y Conservación de la Diversidad Biológica</b></a>, que se imparte en la Universidad Rey Juan Carlos.</span></div>
<div style="text-align: justify;">
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: x-small;"><br />Los objetivos generales de esta titulación son dos:</span>
</div>
<ul style="text-align: justify;">
<li><span style="font-size: x-small;">Proporcionar
una serie de metodologías y herramientas de uso frecuente en el
desarrollo de tareas técnicas e investigadoras en el campo de la
Ecología y Conservación de la Diversidad Biológica.</span></li>
</ul>
<ul style="text-align: justify;">
<li><span style="font-size: x-small;">Desarrollar
las numerosas aplicaciones específicas que ofrecen las metodologías/
instrumentos, es decir, su utilidad práctica en el campo de la Ecología y
Conservación (ej. las aplicaciones de modelos de distribución de
especies en escenarios de calentamiento global, uso de modelos
poblacionales y metapoblacionales para estudios de viabilidad de
especies y desarrollo de planes de conservación).</span></li>
</ul>
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: x-small;">El profesorado está constituido por personal de la URJC, además de profesores externos pertenecientes al <a href="http://www.gbif.es/Gbifes_in.php" target="_blank">GBIF</a> y al <a href="http://www.csic.es/" target="_blank">CSIC</a>.</span></div>
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: x-small;"><br /></span></div>
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: x-small;">Es un máster áltamente recomendable. Más información en: <a href="http://www.slideshare.net/txiriondo/presentacin-master-tccdv-2013-2014">http://www.slideshare.net/txiriondo/presentacin-master-tccdv-2013-2014</a>.</span></div>
</div>
Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-5983453016846258292013-06-05T03:25:00.000+02:002013-07-05T09:11:16.354+02:00300<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: x-small;">Hace tres años mi cuñado y yo nos compramos una cuba de acero inoxidable de 300 litros y empezamos a hacer vino. En estos tres años hemos aprendido mucho y ahora hemos aumentado la producción al comprar una cuba nueva de 1000 litros. La cosecha de este año ha sido bastante buena. Hemos producido dos vinos: un monovarietal de tempranillo y una mezcla de garnacha (80%) y tempranillo (20%). Hemos conseguido aromas a madera mediante la adición de chips de roble tostado, que añadimos al vino tras la fermentación alcohólica. Unos amigos que son diseñadores (Maria José y Amadeo, de <a href="http://laclavegrafica.com/" target="_blank">La Clave Gráfica</a>) nos han diseñado la etiqueta. El resultado lo podéis ver aquí. El vino se llama así: <b>300</b>, en honor a nuestros comienzos en aquella cuba de 300 litros.
<br />
</span><br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<span style="font-size: x-small;"><img border="0" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiJmFR1lGvwbwHbk18CHAhxrcYahYSG2cinO4csFxy0HQW_pOO7aUkVL6TVK2K1GVw9k3cBKCy0uTH8zrQKyaUpduYnrDIRdo3h0P9gs8nhcI236Jnn7jlcARjCDtEQvGLvNBImMyq5jGtv/s400/infografia+final_tempranillo.jpeg" width="285" /></span></div>
<span style="font-size: x-small;">
</span><br />
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: x-small;">Y para terminar, una nota de cata elaborada por una amiga aficionada (más bien diría experta)... ¡gracias Carol!</span><br />
<span style="font-size: x-small;"><br /><b>Monovarietal de tempranillo:</b><i> </i></span>
<br />
<span style="font-size: x-small;"><br /></span>
<span style="font-size: x-small;"><i>Vino joven, con tonos granates persistentes, lágrima en caída elegante y bien definida. Aromas primarios a madera tostada, secundarios a frutas rojas frescas (notas claras de frambuesa, grosella, fresa y algún toque de cereza). Perfil láctico proveniente de la fermentación bastante acentuado (toques de mantequilla y aromas a leche suaves). En boca redondo y suave al paladar. Terciarios no muy marcados y con 1-3 <a href="http://www.girtraduvino.com/termino.php?s_Entrada=caudal%EDa" target="_blank">caudalías</a> (relativamente normal en este tipo de vinos). Perfecto para acompañar ensaladas, quesos grasos (tipo camembert y similares), todo tipo de pescado, pollo, e incluso pato, conejo, codorniz/perdiz o similares. </i></span>
</div>
<span style="font-size: 130%;">
</span></div>
Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-82469269488636067122012-08-24T10:35:00.000+02:002013-06-05T03:33:11.008+02:00La PRCF ¿qué es y cómo se calcula?<div style="text-align: justify;">
<style type="text/css">
<!--
@page { margin: 2cm }
P { margin-bottom: 0.21cm }
</style>
<span style="font-size: 130%;">
Recientemente me he puesto a analizar
unos datos de series temporales de dinámica de poblaciones de
procesionaria (estimadas a partir de mediciones del grado de
infestación de rodales) en Mora de Rubielos, Teruel, en el marco de
una colaboración a tres bandas entre el Laboratorio de Sanidad
Vegetal de Mora de Rubielos (Rodólfo Sánchez, Gerárdo Sánchez),
la Universidad de Granada (<a href="http://ecologia.ugr.es/pages/personal/profesorado/j_a_hodar" target="_blank">José Antonio Hódar</a>, <a href="http://www.reginozamora.es/" target="_blank">Regino Zamora</a>) y la
Universidad Rey Juan Carlos (en mi humilde persona).</span>
<span style="font-size: 130%;">
</span><br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<span style="font-size: 130%;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgfQrVE6BMPpdyIVGfgubBmrLU5bcEGrmErJwD3LG_xjhdnuCx2JtEOsNdqZPxY8O6RLL5kO54You7_Ou2roBnqtKbGUCvzOPt75XIycICxcuOnnYAI7Hdz0tq5mxvuGNxW5b4egUjrALxO/s1600/Figura+2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="263" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgfQrVE6BMPpdyIVGfgubBmrLU5bcEGrmErJwD3LG_xjhdnuCx2JtEOsNdqZPxY8O6RLL5kO54You7_Ou2roBnqtKbGUCvzOPt75XIycICxcuOnnYAI7Hdz0tq5mxvuGNxW5b4egUjrALxO/s400/Figura+2.jpg" width="400" /></a></span></div>
<span style="font-size: 130%;">
</span>
<br />
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">Para poder discernir entre factores
endógenos y exógenos que podrían estar causando las oscilaciones
de las series, una de las primeras cosas que hay que hacer es tratar
de determinar si hay dependencia de la densidad y con cuantos
retardos. Es decir, si el hecho de que, por ejemplo, uno, dos o tres años atrás,
la población estuviera en un máximo, va a influir en que ahora, en
tiempo <i>t</i>, la población haya sufrido un descenso en el número de
individuos como consecuencia del agotamiento de los recursos u otros factores que podrían estar operando a nivel intraespecífico. Pues bien, para determinar con cuantos retardos la propia
variable tiene un efecto sobre la observación de esta misma variable
en tiempo <i>t</i>, <a href="http://entomology.wsu.edu/blog/faculty/emeritus/berryman/" target="_blank">Alan Berryman</a> (<a href="http://books.google.es/books/about/Principles_of_Population_Dynamics_and_Th.html?id=tBh2QgAACAAJ&redir_esc=y" target="_blank">1999</a>) sugiere el uso de lo que llama la
PRCF (<i>partial rate correlation function</i>), que no traduzco porque no se si lo haría bien. Para aquellos que estéis un poco
familiarizados con la jerga de series temporales, no os será
desconocido la función de autocorrelación (ACF) y la función de
autocorrelación parcial (PACF). Estas son herramientas exploratorias
básicas para identificar la estructura de una serie temporal. Pues bien,
en el caso de dinámica de poblaciones, Berryman sugiere que es más
apropiado utilizar la PRCF... <b>¿y qué es esto de la PRCF?</b> Se
trata de correlacionar la tasa de cambio poblacional en tiempo <i>t</i>, con
la densidad poblacional en tiempo <i>t-1</i>, <i>t-2</i> y así
sucesivamente. La tasa de cambio de la población es lo
que Berryman denomina como variable <i>Rt</i>, y que en realidad es el
log(<i>Nt</i>/<i>Nt-1</i>). Es decir, una medida de cómo la población cambia
entre un periodo y el siguiente.</span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">En mi periplo analítico, me encontré
con que no tenía ni idea de cómo calcular la PRCF en R, que es ya
el único software con el que trabajo. Busqué en
los foros y nada. Lo más que encontré fue la página de un software
(<a href="http://classes.entom.wsu.edu/pas/" target="_blank">PAS</a>) que diseñó Alan Berryman ya hace tiempo y que <a href="http://classes.entom.wsu.edu/pas/P1aPRCF.htm" target="_blank">explicaba con fórmulas cómo calcular la PACF y, a partir de ahí, la PRCF</a>. Pero
honestamente, no entendí mucho. Así que di en mis indagaciones con
un artículo de <a href="http://www.bio.puc.cl/index.php?option=com_content&view=article&id=10873:mauricio-lima&catid=35&Itemid=141" target="_blank">Mauricio Lima</a> publicado en <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0030569" target="_blank">PLoS ONE</a> donde decía
explícitamente que ellos habían calculado la PRCF con un código
escrito en R. Escribí a Mauricio y este rápidamente me dirigió a
<a href="http://www.ciencias.uach.cl/instituto/ciencias_ambientales_evolutivas/academicos/sergio-estay.php" target="_blank">Sergio Estay</a>, quien con mucha diligencia me pasó el código, que con
permiso suyo y agradeciéndole de antemano su enorme ayuda, pongo aquí a disposición de todos aquellos interesados
(he modificado un par de cosas para generalizarlo, pero en esencia,
todo el código es suyo).</span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;"><a href="https://dl.dropbox.com/u/2736772/R%20course/PRCF.R" target="_blank">Código para calcular la función PRCF en R</a> </span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">Al final, y viendo el código de Sergio
(y con alguna aclaración suya) entendí que era esto de la PRCF... y
es bastante simple. Para más de un retardo la PRCF es equivalente a
la PACF. Y para un retardo es simplemente la correlación entre <i>Rt</i>
(la tasa de cambio) y <i>Nt-1</i>. La (última) pregunta que yo me hice fue
¿por qué para dos o más retardos la PRCF es igual a la PACF? Y
dándole vueltas mientras volvía a casa en coche, llegué a una
conclusión, que expongo a continuación y que no se si será más o
menos acertada (si alguien conoce una respuesta más acertada por
favor que me corrija).</span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">Básicamente lo que se está diciendo
es que para dos retardos (y generalizable a otros retardos por encima
de uno):</span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">r(<i>Rt</i> ~ <i>Nt-2</i>) habiendo quitado el efecto
de <i>Nt-1</i> sobre <i>Rt</i> </span><br />
<span style="font-size: 130%;">r(<i>Nt</i> ~ <i>Nt-2</i>) habiendo quitado el efecto
de <i>Nt-1</i> sobre <i>Nt</i> </span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">¿Tiene esto algún sentido? Lo tiene
si pensamos que <i>Rt</i> se calcula como el log(<i>Nt</i>/<i>Nt-1</i>). Por tanto si
quitamos el efecto de <i>Nt-1</i> sobre <i>Rt</i>, lo que nos queda es básicamente
<i>Nt</i>. Por tanto, con dos o más retardos, la PRCF será equivalente a
la PACF.</span><br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">Y ya para terminar, incluyo aquí los resultados de la PRCF para las 11 parcelas con las que estamos trabajando en Mora de Rubielos, y en donde se ve que la dinámica de la procesionaria está regulada por efectos de densidad con un único retardo.</span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: justify;">
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;"> </span><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjiGatoJBWg1AzzIgW3L223a2W1MDeHPepnvbFEhNvspB2DcezN307lmjBJAfYSCvlHhv3sBelb2u4PeiWey8RfVzPTswq-xylBwI5oRQ5ai0bKmlVPRSNN3Xsb__lX4s49MrCQ607-vSa1/s1600/Figura+4+-+PRCF.jpeg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="386" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjiGatoJBWg1AzzIgW3L223a2W1MDeHPepnvbFEhNvspB2DcezN307lmjBJAfYSCvlHhv3sBelb2u4PeiWey8RfVzPTswq-xylBwI5oRQ5ai0bKmlVPRSNN3Xsb__lX4s49MrCQ607-vSa1/s400/Figura+4+-+PRCF.jpeg" width="400" /></a></div>
</div>
<span style="font-size: 130%;">
</span>
<span style="font-size: 130%;">
</span><br />
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
</div>
<span style="font-size: 130%;">
</span></div>
Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-90217478480325052812012-07-16T13:54:00.001+02:002012-07-16T13:54:38.487+02:00Material cursos de R para modelos mixtos y series temporales<span style="font-size: 130%;"></span><br />
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">Aunque con cierto retraso publico ahora el material del <a href="http://www.luiscayuela.blogspot.com.es/2012/02/curso-de-series-temporales-aplicadas.html">curso</a> que impartí junto con Ana justel en mayo sobre series temporales en Granada. En concreto la parte aplicada de R, que es la que yo impartí. El material está disponible en la lista de enlaces que hay en el menú de la izquierda, bajo el epígrafe "Curso de análisis de datos ecológicos en R".</span></div>
<span style="font-size: 130%;">
<div style="text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
También hay disponible una actualización del curso sobre modelos mixtos, que impartí recientemente en la URJC, auspiciado por la <a href="http://www.aeet.org/" target="_blank">AEET</a>. Esta versión es bastante más completa e incluye una introducción a los GLMM (modelos lineales generalizados mixtos). También hay un vínculo nuevo a la wiki del curso (que se suma a la de dos cursos anteriores), en donde se pueden encontrar más ejemplos de GLM y GLMM resueltos por los alumnos.</div>
</span>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com6tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-48053620275140597302012-02-15T22:53:00.000+01:002012-02-15T22:57:32.253+01:00Curso de series temporales aplicadas a datos ambientales<span style="font-size: 130%;"><div style="text-align: justify;">
En mayo, se impartirá la primera edición del curso titulado "<a href="http://iecolab.es/node/79">Series temporales aplicadas a datos ambientales</a>" en el <a href="http://www.ceama.es/">Centro Andaluz de Medio Ambiente</a> (CEAMA), en Granada. El curso lo impartiremos <a href="http://www.uam.es/personal_pdi/ciencias/ajustel/">Ana Justel</a>, profesora del Departamento de Matemáticas de la Universidad Autónoma de Madrid, y yo.</div>
<div style="text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="http://www.iecolab.es/sites/default/files/FEUGR%20_TRIPTICO_series%20temporales_DEFINTIVO.pdf"><img border="0" height="281" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj-yXVTQjTS0uY7SZufySOBmP17dWd_Dhq-W-6KhxrFwL_y612FwElvZyt2rshlLBwRkzv2IZdo5nGn422rcwyrTamxxiUGKqLH24fkwTQ_zK3jyuQoyyGwCrvpLdJXdmmHP3AsW-0zZXEQ/s400/FEUGR+_TRIPTICO_series+temporales.jpeg" width="400" /></a></div>
<div style="text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
El curso ofrece la oportunidad de aprender los principales métodos y
herramientas para el análisis estadístico de series temporales. Los
objetivos principales de estos métodos son la predicción e
interpretación de la evolución de fenómenos que se observan en
intervalos regulares de tiempo. Mediante un enfoque práctico se pretende
que a lo largo del curso los asistentes aprendan las principales
técnicas para llevar a cabo un correcto análisis descriptivo de una
serie temporal, trabajen con distintos métodos para el filtrado y
extracción de tendencias y ciclos estacionales, y sean capaces de
aplicar la metodología Box-Jenkins para la modelización ARIMA de series
temporales.<br />
<br />
Pronto publicaremos un manual con el material del curso, que se sumará a los ya publicados anteriormente sobre <a href="http://luiscayuela.blogspot.com/2010/06/analisis-de-datos-ecologicos-en-r.html">análisis de datos en ecología</a>.<br />
<br />
Esperamos que este curso sea de vuestro interés.</div>
</div>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-28862026995035777312012-02-01T23:09:00.000+01:002012-02-03T12:13:23.958+01:00Nueva versión del paquete TPL (v. 1.1)<span style="font-size: 130%;"><style type="text/css">
<!--
@page { margin: 2cm }
P { margin-bottom: 0.21cm }
-->
</style>
</span><br />
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">No se ha hecho esperar la nueva <b>versión
1.1.</b> del paquete <b>TPL </b>(<a href="http://luiscayuela.blogspot.com/2012/01/un-metodo-automatizado-para-la.html">anteriormente v. 1.0</a>) para realizar la
<b>estandarización taxonómica de nombres de plantas</b> utilizando una
conexión en línea al portal de <b>The Plant List</b>. Gracias a los
comentarios de varios colegas, he corregido unos cuantos <i>bugs</i>, afinado los
mecanismos de búsqueda de sinónimos, variedades y subespecies y,
aprovechando la coyuntura, he reducido significativamente el código
(en aproximádamente un 40%) sin perder funcionalidad. Esto último
no es de interés para el usuario estándar, pero para aquellos que
quieran utilizar el código fuente para modificarlo con
posterioridad, sí será de gran utilidad, ya que el código ahora es
algo más legible y está mejor estructurado.</span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">He probado el paquete con varias bases
de datos de plantas, una propia que he sacado del proyecto
<a href="http://www.biotreenet.com/espanol/html/">BIOTREE-NET</a>, con más de <b>5000 nombres</b> de árboles para toda
Centroamérica, una lista de <b>3047 nombres</b> de plantas (procedentes del <a href="http://bdb.cma.gva.es/">Banco de Datos de Biodiversidad de la Generalitat Valenciana</a>) que me ha pasado <a href="http://web.ua.es/es/geb/personal/becarios-y-colaboradores/jaume-tormo-blanes.html">Jaume Tormo</a>, una lista de <b>1122 nombres</b>
de briófitos que me ha pasado <a href="http://pagines.uab.cat/briologia/en/content/staff-and-links">Íñigo de la Cerda-Granzow</a>, una
lista de <b>238 árboles</b> de la Reserva del Triunfo, en México, que me ha
pasado <a href="http://bdi.ecosur.mx/personal/InformacionGeneral.aspx?ID=RamirezNeptali">Neptalí Ramírez-Marcial</a>, y un listado de <b>1188 nombres</b> de árboles de la Amazonia procedentes de <a href="http://www.sci.utu.fi/tiedostot/biologia/ekologia/ruokolainen_eng.htm">Kalle Ruokolainen</a> (disponible en el paquete de R '<a href="http://cran.r-project.org/web/packages/betaper/index.html">betaper</a>'). El código ha funcionado bien para
todas ellas.</span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">¡Ojo! Esto no quiere decir necesariamente que el código
no cometa errores a la hora de buscar la información dentro de TPL
(no es tan sencillo como parece,... sólo hay que mirar el código
fuente para ver la gran variedad de situaciones que podemos
encontrarnos). Aunque he hecho comprobaciones manuales (remitiéndome
a TPL) con nombres elegidos al azar y aparentemente todo funciona
bien, sería conveniente que los usuarios finales hagan
verificaciones de este tipo, sobre todo en estas primeras etapas, y
me comuniquen si encuentran alguna incoherencia entre los resulutados
obtenidos en <a href="http://cran.r-project.org/">R</a> y lo que realmente dice <a href="http://www.theplantlist.org/">TPL</a>.</span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">Pero cuidado con lo que interpretamos
como error. En la lista que me pasó amablemente <a href="http://web.ua.es/es/geb/personal/becarios-y-colaboradores/jaume-tormo-blanes.html">Jaume Tormo</a>,
encontré algunos nombres que, aunque existían en TPL, la función
los intepretaba como que no estaban allí (argumento 'Plant.Name.Index'
= FALSE). Algunos ejemplos de ésto son <a href="http://www.theplantlist.org/tpl/search?q=Xanthium+strumarium"><i>Xanthium strumarium</i></a> o
<a href="http://www.theplantlist.org/tpl/search?q=Hyoseris+scabra"><i>Hyoseris scabra</i></a>. ¿Qué ocurre entonces? La razón es, que al acceder
a TPL desde R, lo que hacemos es leer un archivo *.csv. Y en algunos
casos estos archivos están mal formateados (problema de entrada de
los datos en TPL). En estos dos casos particulares, la información
de <i>'Genus</i>' y '<i>Species</i>' estaban en las columnas de '<i>Genus.hybrid.marker</i>' y
'<i>Species.hybrid.marker</i>' respectivamente. Con esto, la función acaba
por no identificar el nombre y lo da como que no está en TPL. Lo
malo es que tampoco es fácil identificar esto como un caso de tabla
mal formateada de forma automática, por lo que la columna 'WFormat'
arroja, de forma incorrecta, un valor FALSE. Se podría hacer algo al
respecto pero la variabilidad en la forma en la que las tablas vienen
mal formateadas es tan grande que incorporar todos estos posibles
casos al código sería una pesadilla. En cualquier caso, son pocos
nombres a los que les ocurre esto. Lo mejor es comprobar los casos
que tienen el argumento 'Plant.Name.Index' = FALSE uno por uno y ver si
alguno de ellos está realmente en TPL y no ha sido registrado por
estos problemas.</span></div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<br />
<span style="font-size: 130%;">Otra de las mejoras de esta nueva
versión del paquete TPL es que el código corrige ahora con más
exactitud los errores tipográficos en los nombres de las plantas.
Los errores tipográficos son más comunes de lo que creemos. Es
fácil poner una letra de más o de menos en un nombre complejo. A
veces, es el subconsciente el que nos traiciona y acabamos llamando,
por ejemplo, <i>Marsilea bastardae</i> a lo que viene siendo <a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Marsilea_batardae"><i>Marsilea batardae</i></a>. De los listados revisados anteriormente, en todos había
errores tipográficos, y la función TPL permite corregir con
bastante exactitud muchos de ellos (siempre y cuando los errores
estén en el epíteto específico). En el listado de más de 5000
plantas del proyecto <a href="http://www.biotreenet.com/">BIOTREE-NET</a>, identificamos, por ejemplo, <b>299
errores</b>, que fueron corregidos automáticamente. Se pueden ver todos
estos nombres y el consiguiente output de la función TPL <a href="http://dl.dropbox.com/u/2736772/lista%20TPL%20BIOTREE_Typos.csv">aquí</a>.
Aparentemente todo está bien.</span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">Bueno, creo que ya me he enrollado bastante. El
paquete se puede descargar aquí en *.tar.gz (Linux): </span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;"><a href="http://dl.dropbox.com/u/2736772/Publicaciones%20web/TPL_1.1.tar.gz">TPL_v.1.1.tar.gz</a> </span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">o *.zip (Windows):</span><span style="font-size: 130%;"> </span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;"><a href="http://dl.dropbox.com/u/2736772/Publicaciones%20web/TPL_1.1.zip">TPL_v.1.1.zip</a> </span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">Pues nada más... por favor, cualquier
incidencia, sugerencia o comentario hacédmelo llegar. Y si todo
funciona bien, también agradecería comentarios al respecto (e
información sobre el número de nombres con el que se ha probado la función,
etc).</span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">¡Cruzad los dedos y... a correr el
código!</span></div>
<span style="font-size: 130%;">
</span>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-73699436497293774262012-01-27T13:12:00.000+01:002012-01-27T13:15:23.805+01:00Un método automatizado para la estandarización taxónomica de nombres de plantas con The Plant List (TPL)<span style="font-size: 130%;"><style type="text/css">
<!--
@page { margin: 2cm }
P { margin-bottom: 0.21cm }
-->
</style>
</span><br />
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">Cuando se trabaja con grandes bases de
datos de vegetación con procedencia muy diversa, la taxonomía puede
jugarnos una mala pasada. En estas bases de datos es frecuente
encontrar: (1) especies que se llaman de distinta forma pero que en
realidad son la misma (sinónimos); (2) especies con el mismo nombre
pero que en realidad son distintas (homónimos); (3) errores
tipográficos, que hacen muchas veces que registremos como distintas, especies que ya han sido registradas en la misma base de datos.
En consecuencia es necesario estandarizar la taxonomía. <a href="http://www.theplantlist.org/" target="_blank">The PlantList</a> (TPL) es una iniciativa que permite poner un poco de orden en
todo este caos que suponen los sistemas nomenclaturales (aunque obviamente no está exenta de errores).</span><br />
<br />
<span style="font-size: 130%;">En TPL se puede ingresar el nombre de
una planta y te dice si dicho nombre está aceptado, es sinónimo de
otro o está todavía sin resolver. En caso de que no aparezca en TPL
es muy probable que haya un error tipográfico, aunque a veces
simplemente ocurre que el nombre en cuestión todavía no ha sido
ingresado en la base de datos. La principal limitación con el uso de
este portal web, es que la validación hay que hacerla nombre por
nombre, lo que supone una carga de trabajo muy alta cuando tenemos listas enormes de nombres de plantas.</span><br />
</div>
<span style="font-size: 130%;"></span><br />
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">Pues bien, en el marco del proyecto
<a href="http://www.biotreenet.com/" target="_blank">BIOTREE-NET</a>, una iniciativa que trata de compilar y estandarizar
información de árboles en inventarios forestales para toda
Centroamérica, he diseñado una función en R que te permite hacer
todo este trabajo de forma automatizada. Esto ahorra mucho trabajo
manual y puedes cotejar miles de nombres en poco tiempo (unas horas
como mucho). La función (TPL) se presenta dentro de paquete de R
con el mismo nombre, y utiliza a su vez otra función (TPLck) que
hace el cotejo para nombres individuales.</span></div>
<span style="font-size: 130%;">
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
El procedimiento está resumido en el
siguiente esquema (que he preparado para una posible publicación):</div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjjxmeuB1m8qaYdWqbMfNLbxZkqtxy0M3JYcddMW-k_xyfkXDIhf6HnO5yFZnLMjgw_9UKGqmr26qTSiLyoWq-auQGMKD9SEK9ygnfcMrGnc4aOYvgaGtRvvf38RgIZs420vivDbisiAIdv/s1600/Figure+1.jpeg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjjxmeuB1m8qaYdWqbMfNLbxZkqtxy0M3JYcddMW-k_xyfkXDIhf6HnO5yFZnLMjgw_9UKGqmr26qTSiLyoWq-auQGMKD9SEK9ygnfcMrGnc4aOYvgaGtRvvf38RgIZs420vivDbisiAIdv/s400/Figure+1.jpeg" width="306" /></a></div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
El paquete se puede descargar aquí en
*.tar.gz (Linux):</div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<a href="http://www.blogger.com/goog_889908350"><br /></a>
</div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<a href="http://dl.dropbox.com/u/2736772/Publicaciones%20web/TPL_1.0.tar.gz">TPL_v.1.0.tar.gz</a></div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
o *.zip (Windows):</div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<a href="http://dl.dropbox.com/u/2736772/Publicaciones%20web/TPL_1.0.zip">TPL_v.1.0.zip</a></div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
El resultado de aplicar la función TPL a un listado de nombres de plantas
es un arreglo de datos (<span style="font-size: large;"><span style="font-family: "Courier New",Courier,monospace;">data.frame</span></span>) con información sobre el estatus
del nombre según The Plant List, el nombre actualizado (en caso de
sinónimos o errores tipográficos), la familia y la autoridad, entre otras cosas.
</div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
Las principales limitaciones hasta el
momento son que: (1) no es posible resolver el problema de los
homónimos; (2) las correcciones de errores tipográficos sólo se
realizan cuando los errores existen en el epíteto específico. Si
los errores se producen en el género o en el epíteto
infraespecífico, no hay nada que hacer; (3) en el caso de que una
especie sea sinónima de otra y mantenga el mismo nombre cambiando
sólo la autoridad (ej. <i>Bartramia pomiformis</i> var. <i>elongata</i> Turner como
sinónimo de <i>Bartramia pomiformis</i> var. <i>elongata</i> Hedw.), el procedimiento
extráe finalmente la autoridad del sinónimo (Turner) y no del
nombre aceptado (Hedw.); (4) en el caso de que haya muchos epítetos
infraespecíficos y ninguno se corresponda con el nombre que estamos
validando, la función busca por defecto el nombre de la especie que
NO tenga epíteto infraespecífico. Si este nombre no existe en TPL
el nombre se queda sin resolver (pero se da una advertencia al
usuario para que pueda revisar este nombre a posteriori).</div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
Si alguien prueba el paquete y detecta
algún error o se le ocurre alguna mejoría posible, por favor que no
dude en contactarme.</div>
</span>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-43288545775708752272012-01-16T13:34:00.000+01:002012-01-16T15:08:49.872+01:00Apoyo a la ciencia en la declaración de la Renta<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">El editorial de la revista científica
<a href="http://www.nature.com/nature/journal/v480/n7375/full/480005a.html" target="_blank">Nature de Diciembre de 2011</a> llamaba a los nuevos gobiernos de España,
Italia y Grecia a invertir más en Ciencia. Según los analistas,
invertir en ciencia ahora hubiese traído beneficios
desproporcionados. Impulsar la ciencia en el sur de Europa, decían,
no sólo beneficiaría a estos países, si no que harían toda Europa
más competitiva.</span></div>
<div style="text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">Dicho y hecho; continuando la tradición de los últimos años del
gobierno Zapatero, el nuevo Gobierno de Rajoy en España ha anunciado
un recorte de 600 millones de Euros en I+D+i. El presupuesto para
2011 (8600 millones) era ya un 8% menor que en 2010, a su vez 15%
inferior que el de 2009. Queda claro entonces que este nuevo recorte
deja a la Ciencia española en una situación de emergencia, en un
contexto de crisis económica y política nacional. También hay que
tener en cuenta al estudiar esas cifras que buena parte del I+D
español financia investigación en tecnología militar, con lo que el dinero dedicado al tipo de
investigación que querrían mayoritariamente los españoles es
incluso menor.
La investigación y la innovación son pilares fundamentales para
el desarrollo de una sociedad moderna, y hemos demostrado muchas
veces que los científicos españoles podemos ser tan buenos como los
del resto de países si nos dan la oportunidad. Por ello, el
científico español <a href="http://resistencianumantina.blogspot.com/2012/01/casilla-de-apoyo-la-ciencia-en-la.html" target="_blank">Francisco J. Hernández</a> ha impulsado una
iniciativa para pedir a nuestros políticos que podamos elegir destinar el 0.7% de nuestros impuestos a la ciencia. Si esta iniciativa prospera, seríamos el primer país del mundo en el que los ciudadanos elegirían qué parte de sus impuestos se destinasen de forma explícita a I+D+i.</span></div>
<div style="text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">La revista <a href="http://blogs.nature.com/news/2012/01/spanish-researchers-petition-for-taxpayer-donations.html" target="_blank">Nature en su editorial de enero</a> se hacía eco de esta iniciativa y clamaba que los científicos españoles habíamos conseguido en menos de una semana cerca de 32.000 firmas. Pues bien, el apoyo a esta iniciativa sigue creciendo y, tras poco más de dos semanas ya se cuenta con más de 138.000 firmas.</span></div>
<div style="text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">Si quieres apoyar esta iniciativa, <b>firma tú también</b> <a href="http://actuable.es/peticiones/casilla-apoyo-la-ciencia-la-declaracion-la-renta" target="_blank">¡Exige una casilla en tudeclaración de la renta para poder dedicar un 0,7% de tus impuestos a la Ciencia (I+D+i)!</a></span></div>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-11406302247190214872011-12-15T15:40:00.000+01:002011-12-15T15:53:35.703+01:00Cómo estimar parámetros en un modelo por máxima verosimilitud (versión fuerza bruta)<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">Una parte importante de los modelos estadísticos es la forma en la que se estiman los parámetros. En modelos lineales (regresión, ANOVA, ANCOVA), la estimación se hace frecuentemente por el método de mínimos cuadrados. En modelos lineales generalizados (GLM) la estimación se hace por el método de máxima verosimilitud. Cómo opera este método es algo normalmente desconocido al usuario estándar de programas estadísticos (incluido R). Aunque hay muchas formas de estimar los parámetros de un modelo utilizando máxima verosimilitud, la idea subyacente es la misma: encontrar los parámetros que maximizan la probabilidad de los datos observados. La forma más intuitiva de hacer esta estimación es por <b>fuerza bruta</b>, esto es, probando muchas posibles combinaciones de los valores de los parámetros y ver qué combinación maximiza la probabilidad de los datos. A continuación pongo un breve manual sóbre cómo hacer esto en R con objeto de poder entender un poco mejor este proceso. </span></div>
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: small;"><br /></span></div>
<div style="text-align: center;">
<span style="font-size: 130%;"><a href="http://dl.dropbox.com/u/2736772/R%20course/Estimacion_de_parametros_por_MLE.pdf" target="_blank"><i>Cómo estimar los parámetros de un modelo por máxima verosimilitud en R</i></a> </span></div>
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;"><br /></span></div>
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">No obstante, esta forma iterativa es computacionalmente inpracticable, como se explica en el manual, y distintos métodos se han ideado para solucionar estos problemas y encontrar parámetros óptimos (locales y globales). No entraré a detallar los distintos métodos de estimación por máxima verosimilitud, pero si entendemos la idea de fondo, creo que será mucho más fácil entender el proceso por el que generamos nuestros modelos y algunos de los problemas (por ejemplo, convergencia) que a veces surgen por el camino.</span></div>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-48404737914922890032011-11-29T22:48:00.000+01:002011-12-19T23:42:32.115+01:00Modelos a la carta: El modelo gaussiano<span style="font-size: 130%;"></span><br />
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">Los modelos lineales generalizados (GLM) tienen tres componentes: (1) la estructura de errores; (2) el estimador lineal y; (3) la función de vínculo. La función de vínculo linealiza la relación entre la respuesta y el estimador lineal. La función de vínculo, junto con el estimador lineal, constituyen lo que lo algunos autores denominan el "<b>modelo científico</b>". La máxima versatilidad en la modelización se alcanza cuando uno ajusta modelos a la carta, fuera de las restricciones que los GLM imponen. Ello implica que debemos escribir nuestras propias funciones, para después ajustarlas a los datos. El proceso se completa en el contexto de la selección de modelos por criterios de información cuando comparamos toda una batería de modelos plausibles ajustados por métodos de máxima verosimilitud. En R esto puede hacerse por medio del paquete '<i>likelihood</i>' escrito por Lora Murphy. El paquete todavía no está disponible en CRAN, aunque es de esperar que lo esté pronto. Mientras tanto, este paquete se puede descargar de la página del curso de "<a href="http://www.sortie-nd.org/lme/lme_R_code_tutorials.html" target="_blank">Modelos y métodos de máxima verosimilitud</a>" de <a href="http://www.ecostudies.org/people_sci_canham.html" target="_blank">Charlie Canham</a>. Este curso fue por cierto impartido en <a href="http://www.sortie-nd.org/lme/lme_course.html" target="_blank">abril en Granada</a> y he de decir que ha sido uno de los mejores cursos a los que he asistido... ¡gracias Charlie!</span></div>
<span style="font-size: 130%;">
<div style="text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="text-align: justify;">
Bueno, a lo que iba... en lo que respecta a los modelos científicos. Podemos usar muchos tipos de modelos dependiendo de los datos que tengamos. No tienen por qué ser lineales. Una familia de modelos muy versátiles que permiten ajustar respuestas que aumentan primero y disminuyen después son los modelos gaussianos. La función gaussiana se expresa así:<br />
<div style="text-align: center;">
<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
<semantics>
<mrow>
<mi>y</mi>
<mo stretchy="false">=</mo>
<mrow>
<mi>a</mi>
<mo stretchy="false">⋅</mo>
<msup>
<mi>e</mi>
<mrow>
<mo stretchy="false">(</mo>
<mfrac>
<mrow>
<mo stretchy="false">−</mo>
<msup>
<mrow>
<mo stretchy="false">(</mo>
<mrow>
<mi>X</mi>
<mo stretchy="false">−</mo>
<mi>b</mi>
</mrow>
<mo stretchy="false">)</mo>
</mrow>
<mn>2</mn>
</msup>
</mrow>
<mrow>
<mo stretchy="false">(</mo>
<mrow>
<mn>2</mn>
<mo stretchy="false">⋅</mo>
<msup>
<mi>c</mi>
<mn>2</mn>
</msup>
</mrow>
<mo stretchy="false">)</mo>
</mrow>
</mfrac>
<mo stretchy="false">)</mo>
</mrow>
</msup>
</mrow>
</mrow>
<annotation encoding="StarMath 5.0">y = a cdot e^(-(X-b)^2 over (2 cdot c^2))</annotation>
</semantics>
</math>
</div>
<div style="text-align: center;">
<br /></div>
Dicha función consta de 3 parámetros, que llamaremos '<b>a</b>', '<b>b</b>' y '<b>c</b>', pero que podríamos haber denominado de cualquier otra forma. El parámetro '<b>a</b>' indica el valor máximo que alcanza la curva. El parámetro '<b>b</b>' determina la forma de la curva: monotónica, creciente, decreciente. El parámetro '<b>c</b>' va a condicionar la pendiente de la curva (lo que en inglés se denomina <i>sharpness</i>).<br />
<br />
Veamos ahora cómo cambios en los valores de estos parámetros determinan cambios en la forma de las curvas tipo. Tomemos un ejemplo en dónde vamos a modelar la abundancia de arácnidos en sistemas agrícolas (<i>y</i>) en función del tiempo (<i>X</i>). La idea con el siguiente código en R es que nos familiaricemos con esta función y sus parámetros.<br />
<br />
Si modificamos el parámetro 'a' podemos obtener algunas las siguientes curvas:<br />
<br />
<div style="overflow: auto;">
<div class="geshifilter">
<pre class="r geshifilter-R" style="font-family: monospace;">X <- <span style="color: #cc66cc;">1</span>:<span style="color: #cc66cc;">250</span>
a <- <span style="color: #cc66cc;">1000</span>
b <- <span style="color: #cc66cc;">125</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a> <- <span style="color: #cc66cc;">0.01</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/plot"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">plot</span></a><span style="color: #009900;">(</span>Y1~X<span style="color: #339933;">,</span> type=<span style="color: blue;">"l"</span><span style="color: #339933;">,</span> ylim=<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a><span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #cc66cc;">0</span><span style="color: #339933;">,</span><span style="color: #cc66cc;">1050</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #339933;">,</span> ylab=<span style="color: blue;">"Abundancia de arácnidos"</span><span style="color: #339933;">,</span> xlab=<span style="color: blue;">"Tiempo"</span><span style="color: #339933;">,</span> main=<span style="color: blue;">"Función gausiana"</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">125</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">1025</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"a=1000"</span><span style="color: #009900;">)</span>
a <- <span style="color: #cc66cc;">800</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/lines"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">lines</span></a><span style="color: #009900;">(</span>X<span style="color: #339933;">,</span> Y1<span style="color: #339933;">,</span> lty=<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">125</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">825</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"a=800"</span><span style="color: #009900;">)</span>
a <- <span style="color: #cc66cc;">600</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/lines"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">lines</span></a><span style="color: #009900;">(</span>X<span style="color: #339933;">,</span> Y1<span style="color: #339933;">,</span> lty=<span style="color: #cc66cc;">3</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">125</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">625</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"a=600"</span><span style="color: #009900;">)</span>
a <- <span style="color: #cc66cc;">400</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/lines"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">lines</span></a><span style="color: #009900;">(</span>X<span style="color: #339933;">,</span> Y1<span style="color: #339933;">,</span> lty=<span style="color: #cc66cc;">4</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">125</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">425</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"a=400"</span><span style="color: #009900;">)</span>
a <- <span style="color: #cc66cc;">200</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/lines"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">lines</span></a><span style="color: #009900;">(</span>X<span style="color: #339933;">,</span> Y1<span style="color: #339933;">,</span> lty=<span style="color: #cc66cc;">5</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">125</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">225</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"a=200"</span><span style="color: #009900;">)</span></pre>
</div>
</div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhwIjdKwEQxXCqyuCIhgOAlw88NhW_WxugXb4_cCvYxB4IgMFuWSPtrdibeGlOUQkvYfGF6aCwTN0h7XPn3nNwxk0wGehw6yTqd4bDFfONTUST8GzIdtLVc0JGmt6XNdH-k1k_mltORYltO/s1600/gaussiana_para_a.png" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhwIjdKwEQxXCqyuCIhgOAlw88NhW_WxugXb4_cCvYxB4IgMFuWSPtrdibeGlOUQkvYfGF6aCwTN0h7XPn3nNwxk0wGehw6yTqd4bDFfONTUST8GzIdtLVc0JGmt6XNdH-k1k_mltORYltO/s320/gaussiana_para_a.png" width="320" /></a></div>
Modificando el parámetro 'b' obtenemos cambios en la forma de la curva gaussiana como se observa en la siguiente gráfica:<br />
<br />
<div style="overflow: auto;">
<div class="geshifilter">
<pre class="r geshifilter-R" style="font-family: monospace;">X <- <span style="color: #cc66cc;">1</span>:<span style="color: #cc66cc;">250</span>
a <- <span style="color: #cc66cc;">1000</span>
b <- <span style="color: #cc66cc;">125</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a> <- <span style="color: #cc66cc;">0.01</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/plot"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">plot</span></a><span style="color: #009900;">(</span>Y1~X<span style="color: #339933;">,</span> type=<span style="color: blue;">"l"</span><span style="color: #339933;">,</span> ylim=<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a><span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #cc66cc;">0</span><span style="color: #339933;">,</span><span style="color: #cc66cc;">1050</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #339933;">,</span> ylab=<span style="color: blue;">"Abundancia de arácnidos"</span><span style="color: #339933;">,</span> xlab=<span style="color: blue;">"Tiempo"</span><span style="color: #339933;">,</span> main=<span style="color: blue;">"Función gausiana"</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">125</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">1025</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"b=125"</span><span style="color: #009900;">)</span>
b <- <span style="color: #cc66cc;">200</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/lines"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">lines</span></a><span style="color: #009900;">(</span>X<span style="color: #339933;">,</span> Y1<span style="color: #339933;">,</span> lty=<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">200</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">1025</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"b=200"</span><span style="color: #009900;">)</span>
b <- <span style="color: #cc66cc;">275</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/lines"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">lines</span></a><span style="color: #009900;">(</span>X<span style="color: #339933;">,</span> Y1<span style="color: #339933;">,</span> lty=<span style="color: #cc66cc;">4</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">240</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">825</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"b=275"</span><span style="color: #009900;">)</span>
b <- <span style="color: #cc66cc;">50</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/lines"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">lines</span></a><span style="color: #009900;">(</span>X<span style="color: #339933;">,</span> Y1<span style="color: #339933;">,</span> lty=<span style="color: #cc66cc;">5</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">50</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">1025</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"b=50"</span><span style="color: #009900;">)</span>
b <- -<span style="color: #cc66cc;">25</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/lines"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">lines</span></a><span style="color: #009900;">(</span>X<span style="color: #339933;">,</span> Y1<span style="color: #339933;">,</span> lty=<span style="color: #cc66cc;">5</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">15</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">825</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"b=-25"</span><span style="color: #009900;">)</span></pre>
</div>
</div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjFXFbPE-DkOScC-nJ9TFvSF5RxjFt6IX1JDqApLy4mqQM9VcbjTwDuukwVSp7qkdvKh2lUdBpd0jZs1TCm2jZ6EkHh-We4EZXkypFY7XWoW5nyhx7HlgGKI3a8zYqKG1fncNlsbix8l49d/s1600/gaussiana_para_b.png" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjFXFbPE-DkOScC-nJ9TFvSF5RxjFt6IX1JDqApLy4mqQM9VcbjTwDuukwVSp7qkdvKh2lUdBpd0jZs1TCm2jZ6EkHh-We4EZXkypFY7XWoW5nyhx7HlgGKI3a8zYqKG1fncNlsbix8l49d/s320/gaussiana_para_b.png" width="320" /></a></div>
Cambios en el parámetro 'c' van a provocar cambios en las pendientes de la curva, como se observa a continuación:<br />
<br />
<div style="overflow: auto;">
<div class="geshifilter">
<pre class="r geshifilter-R" style="font-family: monospace;">X <- <span style="color: #cc66cc;">1</span>:<span style="color: #cc66cc;">250</span>
a <- <span style="color: #cc66cc;">1000</span>
b <- <span style="color: #cc66cc;">125</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a> <- <span style="color: #cc66cc;">0.01</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/plot"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">plot</span></a><span style="color: #009900;">(</span>Y1~X<span style="color: #339933;">,</span> type=<span style="color: blue;">"l"</span><span style="color: #339933;">,</span> ylim=<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a><span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #cc66cc;">0</span><span style="color: #339933;">,</span><span style="color: #cc66cc;">1050</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #339933;">,</span> ylab=<span style="color: blue;">"Abundancia de arácnidos"</span><span style="color: #339933;">,</span> xlab=<span style="color: blue;">"Tiempo"</span><span style="color: #339933;">,</span> main=<span style="color: blue;">"Función gausiana"</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">45</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">825</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"c=0.01"</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a> <- <span style="color: #cc66cc;">0.001</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/lines"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">lines</span></a><span style="color: #009900;">(</span>X<span style="color: #339933;">,</span> Y1<span style="color: #339933;">,</span> lty=<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">125</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">1025</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"c=0.001"</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a> <- <span style="color: #cc66cc;">0.25</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/lines"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">lines</span></a><span style="color: #009900;">(</span>X<span style="color: #339933;">,</span> Y1<span style="color: #339933;">,</span> lty=<span style="color: #cc66cc;">4</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">125</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">150</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"c=.025"</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a> <- <span style="color: #cc66cc;">0.1</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/lines"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">lines</span></a><span style="color: #009900;">(</span>X<span style="color: #339933;">,</span> Y1<span style="color: #339933;">,</span> lty=<span style="color: #cc66cc;">5</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">90</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">250</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"c=0.1"</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a> <- <span style="color: #cc66cc;">0.02</span>
Y1 <- a*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/exp"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">exp</span></a><span style="color: #009900;">(</span>-<span style="color: #009900;">(</span><span style="color: #009900;">(</span>X-b<span style="color: #009900;">)</span>^<span style="color: #cc66cc;">2</span>/<span style="color: #cc66cc;">2</span>*<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">c</span></a>^<span style="color: #cc66cc;">2</span><span style="color: #009900;">)</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/lines"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">lines</span></a><span style="color: #009900;">(</span>X<span style="color: #339933;">,</span> Y1<span style="color: #339933;">,</span> lty=<span style="color: #cc66cc;">5</span><span style="color: #009900;">)</span>
<a href="http://inside-r.org/r-doc/graphics/text"><span style="color: #003399; font-weight: bold;">text</span></a><span style="color: #009900;">(</span>x=<span style="color: #cc66cc;">40</span><span style="color: #339933;">,</span> y=<span style="color: #cc66cc;">400</span><span style="color: #339933;">,</span> <span style="color: blue;">"c=0.02"</span><span style="color: #009900;">)</span></pre>
</div>
</div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgrAAcpPeDda5thCztglcrUNQUVL5M8FlpY7uZvfbfdCMV9T82FgCLM5r8t9n4QrON7UVWoiBjdbP6D0A1QlfvA7z3Tw9x9Sewnrst3pX1YCS3UeAFFvwjaqk5EcKdLUuDTagjCtk1DX0f7/s1600/gaussiana_para_c.png" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgrAAcpPeDda5thCztglcrUNQUVL5M8FlpY7uZvfbfdCMV9T82FgCLM5r8t9n4QrON7UVWoiBjdbP6D0A1QlfvA7z3Tw9x9Sewnrst3pX1YCS3UeAFFvwjaqk5EcKdLUuDTagjCtk1DX0f7/s320/gaussiana_para_c.png" width="320" /></a></div>
</div>
</span>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com4tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-88140565469807783762011-11-24T14:21:00.004+01:002011-11-24T16:38:55.662+01:00Mayor riesgo de infección alimentaria por E. coli en ganado alimentado con grano<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">Aunque <i>Escherichia coli</i> es un organismo comensal que reside dentro del intestino del huésped, algunas cepas patógenas de <i>E. coli</i> pueden causar colitis hemorrágica en humanos. Una de las cepas más infecciosas de <i>E. coli</i> es la <b>O157:H7</b>. El ganado es un reservorio asintomático de esta cepa. Esto quiere decir que contiene la cepa, pero que ésta no produce síntomas de la enfermedad. Normalmente la cepa está presente en alrededor de un 30% del ganado y, en determinadas ocasiones, puede llegar a estar presente en hasta el 80% del del ganado.</span><br />
<span style="font-size: 130%;"><br /></span></div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<a href="http://www.marlerblog.com/4046075_image001%284%29.jpg"><img alt="" border="0" src="http://www.marlerblog.com/4046075_image001%284%29.jpg" style="cursor: hand; cursor: pointer; display: block; height: 327px; margin: 0px auto 10px; text-align: center; width: 500px;" /></a><span style="font-size: 130%;"><b> </b></span><br />
<span style="font-size: 130%;"><b>Al ganado intensivo, ya sea en su aptitud productiva de carne o leche, se le alimenta frecuentemente con grano (cereales y leguminosas) con el objeto de aumentar la eficiencia alimentaria</b>, ya que el grano contiene muchas más calorías que el pasto en forma de hidratos de carbono, fundamentalmente almidón. Cuando el ganado es alimentado con mucho grano, algo de almidón escapa a la degradación microbiana del rúmen y pasa al intestino, donde es fermentado. <i>E. coli</i> O157:H7 fermenta los azúcares que se liberan tras la ruptura del almidón en el colon. Esto implica que tiene alimento suficiente para reproducirse y aumentar sus poblaciones, por lo que aparece en mayores densidades en esta parte del aparato digestivo, lo que se traduce finalmente en una mayor presencia de esta cepa en las heces.</span><br />
<span style="font-size: 130%;"><br /></span></div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">El ganado intensivo se hacina en pequeñas concentraciones parcelarias, dónde la acumulación deheces es alta. Como consecuencia de ello, se han producido intoxicaciones de <i>E. coli</i> O157:H7 en reses sacrificadas procedentes de dichas explotaciones. La contaminación se produce por el contacto exterior de los animales con las heces. Aunque en los mataderos hay sistemas de limpieza y desinfección, cuanto mayor sea la proporción de <i>E. coli</i>, mayor será el riesgo de fallo de estos sistemas y ésta acabará entrando en contacto con la carne procesada tras el sacrificio.</span><br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">Otra forma de intoxicación se produce cuando se utilizan estas heces como abono, como ocurrió recientemente en la <a href="http://www.rtve.es/alacarta/videos/telediario/bacteria-ecoli-responsable-muertes-alemania/1113443/">famosa crisis del pepino</a> (aunque la cepa aquí era otra). En este caso la intoxicación se produce a través de alimentos de origen vegetal, aunque este tipo de intoxicaciones son más raras.</span></div>
</div>
<div style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;"><br />¿Qué se puede hacer? No es necesario hablar de sistemas alternativos a los sistemas de explotación ganaderos intensivos. Pero sin necesidad de movernos hacia posturas totalmente contrarias, una revisión no ya tan reciente (<a href="http://ddr.nal.usda.gov/bitstream/10113/13082/1/IND43631401.pdf">Callaway <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2003</a>) demuestra que basta con que el ganado sea alimentado 5 días con pasto para que las poblaciones de <span style="font-style: italic;">E. coli</span> en el colon disminuyan del orden de 1000 veces su densidad, y que la capacidad de las poblaciones de <span style="font-style: italic;">E. coli</span> para sobrevivir a los ácidos gástricos del estómago humano descienda drásticamente. </span></div>
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;"><br /></span></div>
<div style="text-align: justify;">
<span style="font-size: 130%;">Por supuesto que también es necesario aumentar los controles sanitarios en explotaciones intensivas para evitar este tipo de problemas. </span></div>
<br />
<span style="float: left; padding: 5px;"><a href="http://www.researchblogging.org/"><img alt="ResearchBlogging.org" src="http://www.researchblogging.org/public/citation_icons/rb2_large_gray.png" style="border: 0;" /></a></span><br />
<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Journal+of+dairy+science&rft_id=info%3Apmid%2F12703622&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Forage+feeding+to+reduce+preharvest+Escherichia+coli+populations+in+cattle%2C+a+review.&rft.issn=0022-0302&rft.date=2003&rft.volume=86&rft.issue=3&rft.spage=852&rft.epage=60&rft.artnum=&rft.au=Callaway+TR&rft.au=Elder+RO&rft.au=Keen+JE&rft.au=Anderson+RC&rft.au=Nisbet+DJ&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CEcology">Callaway TR, Elder RO, Keen JE, Anderson RC, & Nisbet DJ (2003). Forage feeding to reduce preharvest Escherichia coli populations in cattle, a review. <span style="font-style: italic;">Journal of dairy science, 86</span> (3), 852-60 PMID: <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12703622" rev="review">12703622</a></span>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-65986283309858805462011-11-04T22:11:00.007+01:002011-11-04T22:23:42.981+01:00Niños delante del televisor: ¿qué hacemos los padres para potenciarlo?<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">Como padre en ejercicio me he sentido muy identificado con la lectura de un artículo de investigación recientemente publicado en la revista <a href="http://journals.cambridge.org/action/displayJournal?jid=PHN"><span style="font-style: italic;">Public Health Nutrition</span></a> titulado </span><span style="font-family:Times new roman, serif;font-size:130%;">“</span><span style="font-family:Times new roman, serif;font-size:130%;"><a href="http://journals.cambridge.org/action/displayAbstract?fromPage=online&aid=8420809"><span style="font-style: italic;">Parental factors associated with screen time in pre-school children in primary-care practice: a TARGet Kids! Study</span></a>”. Se trata de un estudio realizado en Toronto, Canadá, con una población muestral de niños de 3 años. Se entrevistaba a los padres y se recogían datos de la cantidad de tiempo que los niños pasaban delante del televisor diariamente, además de información relacionada con las condiciones socio-económicas, culturales y laborales de los padres. El estudio pone en evidencia una relación positiva entre tiempo de exposición a la televión y el hábito de comer viendo la tele, madres trabajadoras, y padres que pasan más tiempo delante de la tele. También detectó una relación negativa entre tiempo de exposición a la tele y la existencia de normas en la casa con respecto a cuándo se puede ver y no ver la tele.</span></div><div style="text-align: justify;"> </div><p style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjyE7eZWy-ULS5kr5yDZ5VlGS52wcvql64MU25sczcnrZt7uF9rp287lcJJz3k7aTNskSwSETKAkPmgYIvpuN96_mBc5fSDAhL9oag-8ICErUGmFI6EX9eKij_FXEytZGcM1s6WUPri4tBo/s1600/nino-y-television.jpg"><img style="display:block; margin:0px auto 10px; text-align:center;cursor:pointer; cursor:hand;width: 400px; height: 267px;" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjyE7eZWy-ULS5kr5yDZ5VlGS52wcvql64MU25sczcnrZt7uF9rp287lcJJz3k7aTNskSwSETKAkPmgYIvpuN96_mBc5fSDAhL9oag-8ICErUGmFI6EX9eKij_FXEytZGcM1s6WUPri4tBo/s400/nino-y-television.jpg" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5671253271066217682" border="0" /></a></p><p style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;"><span style="font-family:Times new roman, serif;font-size:130%;">En conclusión, como padres, además de tener que predicar con el ejemplo sobre el consumo moderado de programas televisivos, tenemos que poner algunas normas a nuestros hijos para que sepan que la tele no es un entretenimiento al que puedan recurrir a cada rato. En cualquiera de los casos, hay que saber que la televisión en niños menores de 3 años tiene siempre efectos negativos, a saber: retrasa el desarrollo del lenguaje, genera comportamientos agresivos, sobrepeso y obesidad (los niños delante de la tele no se dan cuenta de qué están comiendo y comen, por lo general, por encima de sus necesidades). La propia Sociedad Canadiense de Pediatría recomienda que los niños de pre-escolar (menores de 3 años) no vean la tele más de 1 hora diaría. No sé que dirá la <a href="http://www.aeped.es/">Asociación Española de Pediatría</a>. En un vistazo rápido no he encontrado nada en su página web, pero sí he encontrado algunos artículos más de investigaciones españolas que alertan del uso y abuso de la televisión.</span></p><div style="text-align: justify;"> </div><p style="margin-bottom: 0cm; text-align: justify;"><span style="font-family:Times new roman, serif;font-size:130%;">Así que ¡tomemos nota y tengamos cuidado sobre lo que les damos a nuestros hijos!</span></p>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-19086623376475541362011-10-26T09:45:00.006+02:002011-10-26T14:58:40.253+02:00Slow food: un nuevo paradigma en la forma de alimentarse<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">Ayer estuve en una charla del fundador del movimiento <a href="http://www.slowfood.com/about_us/esp/welcome_esp.lasso">Slow Food</a>, Carlo Petrini, que me dió mucho que pensar. Slow Food es un movimiento que nace en 1989 en París, en oposición al Fast Food o comida rápida. Reivindica un nuevo concepto de gastronomía, más multidisciplinar, que considera los alimentos no sólo como algo lúdico o social, sino desde la perspectiva de la física, la química, la biología, la agronomía (cómo se producen los alimentos), la genética, la historia, la antropología, la cultura, la economía, etc.</span><br /><br /></div><div style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjagQC4xhGWwI1f4FVz3GjJ7kvB5ln2la4_8KaCII7xjWtBb6JNI5gxwwDx0HPZvesUCIzfohwUN6-nzeU2SoSBil1nSmhJ4xRHj1TQK3R4DbD-pWaVokWjprGgbctSoWSStHV1N5UIL_tW/s1600/carlos+petrini.jpg"><img style="display:block; margin:0px auto 10px; text-align:center;cursor:pointer; cursor:hand;width: 400px; height: 288px;" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjagQC4xhGWwI1f4FVz3GjJ7kvB5ln2la4_8KaCII7xjWtBb6JNI5gxwwDx0HPZvesUCIzfohwUN6-nzeU2SoSBil1nSmhJ4xRHj1TQK3R4DbD-pWaVokWjprGgbctSoWSStHV1N5UIL_tW/s400/carlos+petrini.jpg" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5667704120911035602" border="0" /></a><span style="font-size:100%;">Carlo Petrini, fundador del movimiento Slow Food, considerado por la revista Time como una de las 50 personas más influyentes del mundo.</span><br /></div><span style="font-size:130%;"><br /></span><div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">En su charla, Carlo recalcó varias veces que tenemos un sistema alimentario "criminal" (dicho con sus propias palabras), pero también nos recordó que nosotros somos responsables directos de ello. Planteó nuestro papel no como consumidores pasivos, sino como <a href="http://www.slowfood.com/international/27/be-a-coproducer">co-productores</a>, en dónde nuestro consumo influye directamente en los sistemas de producción y condiciona el tipo de agricultura. También enfatizó el hecho de que nos encontramos en una crisis entrópica, como consecuencia principalmente de que nos cuesta mucho más producir los alimentos que la energía derivada de los propios alimentos. Por ejemplo, producir un 1 kg de carne cuesta aproximadamente 5,000 lts de agua, además de una gran inversión energética como consecuencia de la dependencia en combustibles fósiles que tienen los actuales sistemas de producción: el grano para alimentar el ganado viene normalmente de otras partes del mundo, los fertilizantes necesarios para producir este grano también vienen de otros países, y todo este movimiento se traduce en consumo de combustibles fósiles (<a href="http://luiscayuela.blogspot.com/2010/10/afecta-lo-que-comes-al-medio-ambiente.html">ver también esta otra entrada</a>).</span><br /><br /><span style="font-size:130%;">Los sistemas de producción de alimentos no son sostenibles en la actualidad por diversos motivos:</span><br /><br /><ol><li><span style="font-size:130%;">Agotan la fertilidad del suelo.</span></li><li><span style="font-size:130%;">Agotan los recursos hídricos. Recordemos que el 72% del agua dulce en el mundo se destina a agricultura. Estos usos también condicionan la calidad del agua residual, que en muchas partes del mundo está contaminada.</span></li><li><span style="font-size:130%;">Producen pérdida de biodiversidad. La selección de variedades, razas y especies más productivas en agricultura y ganadería ha motivado la desaparición del 70% de éstas durante el último siglo.</span></li><li><span style="font-size:130%;">Promueven la desaparición del campesinado, lo que implica en muchas ocasiones una pérdida cultural de gran importancia.</span><br /></li></ol><br /><span style="font-size:130%;">Los defensores de los sistemas de producción de alimentos que tenemos en la actualidad arguyen que no es posible mantener alimentada a la población mundial bajo otros esquemas productivos no intensivos. Sin embargo, los datos que arroja la FAO a este respecto son muy claros:</span><br /><ul><li><span style="font-size:130%;">A nivel mundial se producen alimentos para alimentar a <span style="font-weight: bold;">12 mil millones de personas</span>.</span></li><li><span style="font-size:130%;">Hay actualmente cerca de <span style="font-weight: bold;">7 mil millones de personas</span> en nuestro planeta.</span></li><li><span style="font-size:130%;"><span style="font-weight: bold;">1 mil millones de personas</span> sufren de desnutrición.</span></li><li><span style="font-size:130%;"><span style="font-weight: bold;">1.7 mil millones de personas</span> sufren obesidad.</span></li><li><span style="font-size:130%;">El <span style="font-weight: bold;">40% de la producción alimentaria acaba en la basura</span>.</span></li></ul><br /><span style="font-size:130%;">Todo ello implica que tenemos un sistema de producción de alimentos altamente ineficiente, que genera excedentes que acaban en la basura, que consume más energía que la que proporcionan los propios alimentos que se producen, y en dónde siguen existiendo grandes desigualdades en la distribución y acceso a los alimentos.</span><br /><br /><span style="font-size:130%;">¿Podemos hacer algo? Claro que sí. Como decía Carlo, somos corresponsables de lo que ocurre, y está en nuestra mano cambiarlo. Slow Food nace con esa filosofía y hoy son más de 100,000 personas las que se han unido a este movimiento en todo el mundo. Para más información, vísita la <a href="http://www.slowfood.com/">página</a> del proyecto.</span></div>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com4tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-27856377950535328262011-10-13T19:14:00.007+02:002011-10-17T15:52:39.487+02:00Software libre y evolución<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;"><span style="font-weight: bold;">¿Qué tiene que ver el software libre con la evolución?</span> Pues mucho. Mientras que el software privativo va creciendo en función de las decisiones tomadas por un grupo reducido de personas (dirigido, eso sí, en parte por las demandas de los usuarios), el software libre va siendo construido por los propios usuarios en función de sus necesidades. Aquellas herramientas que son más útiles para otros usuarios van a permanecer y mejorarse a merced de los cambios efectuados por otros usuarios, mientras que aquello que no se use va a acabar desapareciendo... ¡toda una muestra del poder de la evolución!<br /><br />En esta línea argumental se mueve el artículo de Tufto & Cavallini titulado "<a href="http://www.faunalia.it/pdf/WildlBiol2005.pdf"><span style="font-style: italic;">Should wildlife biologists use free software?</span></a>", publicado en la revista <a href="http://www.wildlifebiology.com/Home/"><span style="font-style: italic;">Wildlife Biology</span></a> en 2005. Todo un alegato al uso de software libre. Y eso, añadiré, que muchas de las herramientas que se mencionan en este artículo, incluyendo el sistema operativo <a href="http://es.wikipedia.org/wiki/GNU/Linux">Linux</a> o los software <a href="http://es.openoffice.org/">OpenOffice</a>, <a href="http://cran.r-project.org/">R</a>, <a href="http://grass.fbk.eu/">GRASS</a> y <a href="http://www.qgis.org/">Quantum GIS</a>, han mejorado enormemente en los últimos cinco años.<br /><br />Pues eso ¡viva el software libre!</span><br /></div><br /><span style="float: left; padding: 5px;"><a href="http://www.researchblogging.org"><img alt="ResearchBlogging.org" src="http://www.researchblogging.org/public/citation_icons/rb2_large_gray.png" style="border:0;"/></a></span><br /><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Wildlife+Biology&rft_id=info%3Adoi%2F10.2981%2F0909-6396%282005%2911%5B67%3ASWBUFS%5D2.0.CO%3B2&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Should+wildlife+biologists+use+free+software%3F&rft.issn=0909-6396&rft.date=2005&rft.volume=11&rft.issue=1&rft.spage=67&rft.epage=76&rft.artnum=http%3A%2F%2Fwww.bioone.org%2Fdoi%2Fabs%2F10.2981%2F0909-6396%25282005%252911%255B67%253ASWBUFS%255D2.0.CO%253B2&rft.au=Tufto%2C+J.&rft.au=Cavallini%2C+P.&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CEcology">Tufto, J., & Cavallini, P. (2005). Should wildlife biologists use free software? <span style="font-style: italic;">Wildlife Biology, 11</span> (1), 67-76 DOI: <a rev="review" href="http://dx.doi.org/10.2981/0909-6396(2005)11[67:SWBUFS]2.0.CO;2">10.2981/0909-6396(2005)11[67:SWBUFS]2.0.CO;2</a></span>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-19059646561692371222011-09-29T22:37:00.003+02:002011-09-29T22:50:12.618+02:00Manual de comunicación para investigadores<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">Aquí va un vínculo muy interesante sobre como divulgar la ciencia, algo que , por desgracia, pocos científicos saben hacer bien (entre los que me incluyo). Aquí va un extracto:<br /><br />"... la <strong>divulgación científica</strong> no sólo se hace desde los medios de comunicación. Se realiza también desde los museos o a través de libros y conferencias, y suele incluir la participación más o menos directa del científico. Centrándonos únicamente en la divulgación hecha desde los medios, podemos encontrar productos eminentemente divulgativos (revistas, suplementos de la prensa escrita, programas de radio y televisión) o noticias científicas mezcladas con un punto de divulgación, que se considera necesaria para entender algo mejor. En ocasiones la divulgación <strong>profundiza</strong>, otras <strong>pone en contexto</strong>, algo que es vital para hacer entender muchos temas. Muchas veces, ya que en ciencia se trabaja casi siempre desde la extrema especialización, el periodismo científico desempeña precisamente ese papel de <strong>proporcionar una visión de conjunto </strong>que la audiencia pueda digerir. En general, la divulgación también tiene mayor <strong>afán didáctico</strong> y suele ser más atemporal. Y no olvidemos que, si queremos hablar con la sociedad, deberemos ser capaces de <strong>entretener al lector</strong>, conseguir que se quede con nosotros hasta el final."<br /><br />Se puede leer más en <a href="http://comunicaciencia.unirioja.es/">http://comunicaciencia.unirioja.es/</a>.<br /></span></div>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-56594760474157239102011-08-17T11:39:00.008+02:002011-08-17T12:40:15.974+02:00Más sobre fumigaciones aéreas y procesionaria<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">Nuestro artículo publicado recientemente en <a href="http://dl.dropbox.com/u/2736772/Publicaciones%20web/2011-FORECO-Cayuela%20et%20al.pdf"><span style="font-style: italic;">Forest Ecology and Management </span></a>sobre la inutilidad de las fumigaciones aéreas para el control de la procesionaria ha suscitado algunas críticas. La principal crítica (reiterada por el revisor de otro artículo que tenemos actualmente en revisión en <a href="http://www.springer.com/earth+sciences+and+geography/meteorology+%26+climatology/journal/10584"><span style="font-style: italic;">Climatic Change</span></a> utilizando esta misma base de datos) se refiere al hecho de que nuestro artículo sólo se refiere a rodales que sufren un grado de infestación de procesionaria alta (nivel 3 o superior sobre una escala de 5). En estos casos es lógico pensar que la plaga ya está al borde del colapso poblacional y, que por tanto, los rodales fumigados van a tener una respuesta similar a los no fumigados: esto es, un colapso da las poblaciones de procesionaria al siguiente año (se puede encontrar una explicación más detallada <a href="http://luiscayuela.blogspot.com/2009/09/gestion-de-plagas-en-andalucia-es.html">en esta otra entrada</a>). Sin embargo, puede haber rodales que tengan un grado de infestación medio (por ejemplo 2) y que también sean fumigados. Se podría pensar que en estos rodales la respuesta no es la misma, y que mientras que en los fumigados se rompería el ciclo poblacional, los no fumigados tendrían más probabilidades de sufrir una superpoblación al siguiente año.</span>
<br /></div><div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">
<br />Explicaré a continuación qué parte de esta crítica tiene sustento y qué parte no la tiene. Cuando comenzamos este trabajo, tomamos la información de la Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Andalucía. En las propias directrices de actuación de la Junta se establecía que sólo los rodales con un nivel de infestación de 3 o más son tratados, mientras que los que sufrían un nivel 2 sólo eran tratados si estaban próximos a un rodal con un grado de infestación de 3 o más. Esta información está disponible en el <a href="http://www.google.es/url?sa=t&source=web&cd=2&ved=0CCYQFjAB&url=http%3A%2F%2Fwww.caib.es%2Fsacmicrofront%2Farchivopub.do%3Fctrl%3DNTCS023277ZI56025%26id%3D56025&rct=j&q=angel%20carrasco%20gotarredona%20procesionaria%20andalucia&ei=W4hLTrmaFsecOsGmrbsI&usg=AFQjCNEKanmdyOXHGmzigc-DrOOUwBKHdQ&cad=rja">siguiente enlace</a> (ver páginas 58 a 64). Como esta era información oficial, la dimos por válida sin cuestionarla. Más tarde, cuando surgieron las críticas, procedimos a verificar que, efectivamente, se fumigaban mayoritariamente rodales con un grado de infestación de 3 o más. La siguiente tabla muestra, para el período 2002-2005 (que es aquel para el que disponemos de la información más completa), el número de rodales fumigados (Trat.) y sin fumigar.
<br /></span> <style type="text/css"> <!-- @page { margin: 2cm } TD P { margin-bottom: 0cm } P { margin-bottom: 0.21cm } --> </style> <p style="margin-bottom: 0cm">
<br /></p> <table style="width: 436px; height: 189px;" cellpadding="4" cellspacing="0"> <colgroup><col width="49"> <col width="50"> <col width="50"> <col width="50"> <col width="50"> <col width="50"> <col width="50"> <col width="50"> <col width="50"> <col width="50"> <col width="50"> </colgroup><tbody face="georgia" align="center"><tr valign="TOP"> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family: verdana;" width="49"> <p> </p>
<br /></td> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">>=3</span></p> </td> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">
<br /></span> </p> </td> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">2</span></p> </td> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">
<br /></span> </p> </td> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">1</span></p> </td> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">
<br /></span> </p> </td> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">0</span></p> </td> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">
<br /></span> </p> </td> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">Total</span></p> </td> <td style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">
<br /></span> </p> </td> </tr> <tr valign="TOP"> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="49"> <p><span style="font-size:100%;">
<br /></span> </p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">Trat.</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">Sin</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">Trat.</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">Sin</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">Trat.</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">Sin</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">Trat.</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">Sin</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">Trat.</span></p> </td> <td style="border-width: medium 1px 1px; border-style: none solid solid; border-color: -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">Sin</span></p> </td> </tr> <tr valign="TOP"> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: left; font-family:verdana;" width="49"> <p><span style="font-size:100%;">2002</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">47</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">271</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">23</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">414</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">44</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">985</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">29</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">1550</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">149</span></p> </td> <td style="border-width: medium 1px 1px; border-style: none solid solid; border-color: -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">4240</span></p> </td> </tr> <tr valign="TOP"> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: left; font-family:verdana;" width="49"> <p><span style="font-size:100%;">2003</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">29</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">371</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">30</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">629</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">38</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">1074</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">36</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">1404</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">135</span></p> </td> <td style="border-width: medium 1px 1px; border-style: none solid solid; border-color: -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">4254</span></p> </td> </tr> <tr valign="TOP"> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: left; font-family:verdana;" width="49"> <p><span style="font-size:100%;">2004</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">29</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">409</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">22</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">482</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">23</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">1010</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">39</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">1666</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">118</span></p> </td> <td style="border-width: medium 1px 1px; border-style: none solid solid; border-color: -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">4271</span></p> </td> </tr> <tr valign="TOP"> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: left; font-family:verdana;" width="49"> <p><span style="font-size:100%;">2005</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">34</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">184</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">16</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">361</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">28</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">919</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">31</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">2132</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">111</span></p> </td> <td style="border-width: medium 1px 1px; border-style: none solid solid; border-color: -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0.1cm 0.1cm; font-family:verdana;" width="50"> <p><span style="font-size:100%;">4278</span></p> </td> </tr> </tbody></table><div style="text-align: center;"><span style="font-size:130%;"><span style="font-family:georgia;"> </span></span></div><p style="margin-bottom: 0cm;"><span style="font-size:130%;">A partir de estos valores podemos calcular la <a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Odds_ratio">odds ratio</a> de la prevalencia de rodales tratados frente a no tratados para cada año entre las categorías de daño 3 o más y el resto. Para ello, haríamos el siguiente cálculo (como ejemplo tomaremos las categorías 3 o más y 2):</span></p><p style="margin-bottom: 0cm; text-align: center;"><span style="font-size:130%;"><span style="font-weight: bold;">A</span> = </span><span style="font-size:130%;">Rodales daño >= 3 Trat. / Rodales daño >= 3 Sin</span></p><p style="margin-bottom: 0cm; text-align: center;"><span style="font-size:130%;"><span style="font-weight: bold;">B </span>= </span><span style="font-size:130%;">Rodales daño = 2 Trat. / Rodales daño = 2 Sin</span></p><div style="text-align: center;"> </div><p style="margin-bottom: 0cm; text-align: center;"><span style="font-size:130%;">Odds ratio = A / B
<br /></span></p><span style="font-size:130%;">
<br />Un valor positivo de la odds ratio indicaría que la presencia de tratamientos en rodales con un nivel daño de 3 o más ocurre con ese valor más frecuentemente que en rodales con un nivel de daño de 2. Por ejemplo, una odds ratio de 5 indicaría que los rodales con daño 3 o más se tratan 5 veces más frecuentemente que los rodales con daño 2. Hacemos estos cálculos comparando el nivel de daño de 3 o más con el resto. Los resultados se muestran a continuación.
<br />
<br /></span> <style type="text/css"> <!-- @page { margin: 2cm } TD P { margin-bottom: 0cm } P { margin-bottom: 0.21cm } --> </style> <table style="width: 352px; height: 187px;" cellpadding="4" cellspacing="0"> <colgroup><col width="98"> <col width="170"> <col width="170"> <col width="170"> </colgroup><tbody><tr valign="TOP"> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="98"> <p><span style="font-size:100%;">
<br /></span> </p> </td> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">OR >=3 / 2</span></p> </td> <td style="border-width: 1px medium 1px 1px; border-style: solid none solid solid; border-color: rgb(0, 0, 0) -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">OR >=3 / 1</span></p> </td> <td style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0); padding: 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">OR >=3 / 0</span></p> </td> </tr> <tr valign="TOP"> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="98"> <p><span style="font-size:100%;">2002</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">3.12</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">3.88</span></p> </td> <td style="border-width: medium 1px 1px; border-style: none solid solid; border-color: -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">9.26</span></p> </td> </tr> <tr valign="TOP"> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="98"> <p><span style="font-size:100%;">2003</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">1.63</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">2.21</span></p> </td> <td style="border-width: medium 1px 1px; border-style: none solid solid; border-color: -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">3.04</span></p> </td> </tr> <tr valign="TOP"> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="98"> <p><span style="font-size:100%;">2004</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">1.55</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">3.11</span></p> </td> <td style="border-width: medium 1px 1px; border-style: none solid solid; border-color: -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">3.03</span></p> </td> </tr> <tr valign="TOP"> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="98"> <p><span style="font-size:100%;">2005</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">4.17</span></p> </td> <td style="border-width: medium medium 1px 1px; border-style: none none solid solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">6.06</span></p> </td> <td style="border-width: medium 1px 1px; border-style: none solid solid; border-color: -moz-use-text-color rgb(0, 0, 0) rgb(0, 0, 0); padding: 0cm 0.1cm 0.1cm; text-align: center; font-family:verdana;" width="170"> <p><span style="font-size:100%;">12.71</span></p> </td> </tr> </tbody></table><div style="text-align: center;">
<br /></div><span style="font-size:130%;">De todo esto se deduce lo siguiente. Primero, no todos los rodales que sufren un nivel de daño alto son tratados, como decíamos en nuestro trabajo. Sólo un porcentaje relativamente pequeño como vemos en la primera tabla. Esto es tranquilizador en parte, porque como hemos demostrado en nuestro trabajo, las fumigaciones producen exactamente los mismos resultados que el no hacer nada (la razón es que el propio insecto es controlado por la escasez de recursos alimenticios y el aumento de predadores y parasitoides). Segundo, es cierto que los rodales con un nivel de daño intenso son tratados con mayor frecuencia que los rodales que tienen un nivel de daño medio o incluso bajo, pero resulta curioso ver qué todavía hay muchos rodales con niveles de daño bajo que son tratados ¿qué criterios -más allá de la proximidad a rodales con un grado de infestación alto- utilizan los técnicos para decidir que estos rodales merecen ser tratados? Por último, alguien podría pensar que esto podría invalidar los resultados de nuestro trabajo, pero hemos repetido los análisis publicados en el artículo de <span style="font-style: italic;">Forest Ecology and Management</span>, utilizando sólamente los rodales con un nivel de daño 2. Los resultados, que no muestro aquí por brevedad, muestran claramente que tampoco hay diferencias en la respuesta cuando comparamos rodales fumigados y no fumigados </span><span style="font-size:130%;"> con un nivel de daño moderado</span><span style="font-size:130%;">. Por tanto, las conclusiones de nuestro estudio siguen siendo válidas.</span>
<br /></div>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-16401446782200320882011-07-06T12:51:00.008+02:002011-07-08T12:33:29.034+02:00Un festín de orugas<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">La <a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Thaumetopoea_pityocampa">procesionaria del pino</a> (<span style="font-style: italic;">Thaumetopoea pityocampa</span>) es un lepidóptero típico de la región Mediterránea.</span><span style="font-size:130%;"> La mariposa de la procesionaria se aparea en verano. La hembra pone sus huevos sobre las copas de los árboles y 30 ó 40 días después nacen las orugas, generalmente en los meses de agosto y septiembre, que construyen sus nidos sobre las ramas y pasan el invierno en ellos. Entre febrero y abril descienden al suelo, forman las características filas indias –de ahí su nombre común de “procesionaria”– y se entierran finalmente en el suelo, donde pasan a la fase de crisálida. En verano las crisálidas eclosionan y surgen las mariposas, que se aparean y reinician de nuevo el ciclo. Durante el invierno, las orugas se alimentan de las hojas de los pinos en los que construyen sus nidos y esa es precisamente la causa de la defoliación.<br /><br /></span><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiWA6uEi1vNdqlc9TDSG_AZjKlg0XrUaFrzg4blwHKf3W1cgtPXg3iiMigeDso0p34ad7esV_UAWw8JXLT5ks8iougauRTx0__2nry2DRfkmy3SdbKcaIvtnxQRL1_dYWK3AuFCh9AWG1QV/s1600/Cuadro+1.jpg"><img style="display:block; margin:0px auto 10px; text-align:center;cursor:pointer; cursor:hand;width: 400px; height: 319px;" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiWA6uEi1vNdqlc9TDSG_AZjKlg0XrUaFrzg4blwHKf3W1cgtPXg3iiMigeDso0p34ad7esV_UAWw8JXLT5ks8iougauRTx0__2nry2DRfkmy3SdbKcaIvtnxQRL1_dYWK3AuFCh9AWG1QV/s400/Cuadro+1.jpg" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5626190738859924258" border="0" /></a><span style="font-size:130%;"><br />A pesar de su toxicidad, existen varias especies de aves que han desarrollado mecanismos y estrategias para poder alimentarse de las larvas de procesionaria. Así, por ejemplo, el <span style="font-weight: bold;">críalo europeo </span>(<a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Clamator_glandarius"><span style="font-style: italic;">Clamator glandorius</span></a>) y el <span style="font-weight: bold;">cuco</span> (<a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Cuculus_canorus"><span style="font-style: italic;">Cuculus canorus</span></a>) son capaces de regurgitar los pelos urticantes de las orugas. El <span style="font-weight: bold;">herrerillo capuchino</span> (<a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Lophophanes_cristatus"><span style="font-style: italic;">Lophophanes cristatus</span></a>) y el <span style="font-weight: bold;">carbonero común</span> (<a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Parus_major"><span style="font-style: italic;">Parus major</span></a>) y <span style="font-weight: bold;">garrapino</span> (<a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Parus_ater"><span style="font-style: italic;">P. ater</span></a>) no son capaces de ingerir la oruga entera, sino que las pelan como pipas, quitándoles la cabeza y el tegumento para alimentarse solamente de la parte carnosa de la larva. Estos últimos son los principales responsables de los agujeros que vemos en los nidos de la procesionaria. Existen otras especies que se alimentan de la procesionaria, pero no durante la fase de oruga, como la <span style="font-weight: bold;">abubilla</span> (<a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Upupa_epops"><span style="font-style: italic;">Upupa epops</span></a>; ver foto más abajo) que desentierra las crisálidas del suelo, o el <span style="font-weight: bold;">chotacabras gris</span> (<a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Caprimulgus_europaeus"><span style="font-style: italic;">Caprimulgus europaeus</span></a>), que es capaz de cazar a la mariposa al vuelo durante su efímera existencia (generalmente no más de 24 horas).<br /><br /></span><a href="http://www.trebol-a.com/2011/05/26/abubillas-contra-la-procesionaria/"><img style="display:block; margin:0px auto 10px; text-align:center;cursor:pointer; cursor:hand;width: 400px; height: 224px;" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhMTj6E4eVwVIVA9mAaSMbQWKtET9S0iaEhVwM4LyF_H4_OkxhXQBpehdZgXF6i-HpVmpiyKUOO0cLJG_Xp76F9tIfuBcIpVnKy3AUOwpoGm9EWa5sYirpsyDQ4wqSpX9krn71cfObXsGk9/s400/abubilla.jpg" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5626227903310044882" border="0" /></a><span style="font-size:130%;"><br />Todas estas especies actúan como <span style="font-weight: bold;">agentes efectivos para el control natural</span> de este insecto, evitando así con su presencia la aparición de superpoblaciones de procesionaria en los pinares mediterráneos.<br /></span></div><br /><span style="float: left; padding: 5px;"><a href="http://www.researchblogging.org/"><img alt="ResearchBlogging.org" src="http://www.researchblogging.org/public/citation_icons/rb2_large_gray.png" style="border:0;" /></a></span><br /><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Biological+Control&rft_id=info%3A%2Fdoi%3A10.1016%2Fj.biocontrol.2010.10.009&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Birds+as+predators+of+the+pine+processionary+moth+%28Lepidoptera%3A+Notodontidae%29&rft.issn=&rft.date=2011&rft.volume=56&rft.issue=&rft.spage=107&rft.epage=114&rft.artnum=http%3A%2F%2Fwww.sciencedirect.com%2Fscience%2Farticle%2Fpii%2FS1049964410002264&rft.au=Barbaro%2C+L.&rft.au=Battisti%2C+A.&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CEcology">Barbaro, L., & Battisti, A. (2011). Birds as predators of the pine processionary moth (Lepidoptera: Notodontidae) <span style="font-style: italic;">Biological Control, 56</span>, 107-114 : <a rev="review" href="doi:10.1016/j.biocontrol.2010.10.009">doi:10.1016/j.biocontrol.2010.10.009</a></span>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-34691570469653218262011-03-15T14:29:00.004+01:002011-03-15T14:52:29.224+01:00Como simular un bosque en 3D<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">Ahora que estoy trabajando con datos espaciales de infestación de pinos por procesionaria y muérdago, estaba buscando la mejor manera de representar los datos gráficamente. Tradicionalmente estos datos se representan en superficies de dos dimensiones, pero ¿se pueden representar de una forma eficiente en 3D? La respuesta es sí y la solución nos la da (posiblemente es sólo una de las muchas soluciones) el paquete <span style="font-family:courier new;">scatterplot3d</span> de R y la función con el mismo nombre.</span><br /><br /><span style="font-size:130%;">Veamos unos datos que simulan los datos con los que yo estoy trabajando. Coordenadas x e y con la posición espacial de los datos. Una variable z con información de la altura de los datos. Y finalmente, una cuarta variable con información sobre, por ejemplo, el número de bolsones de procesionaria (pero podría ser cualquier otra cosa).</span><br /></div><br /><div style="overflow: auto;"><div class="geshifilter"><pre class="r geshifilter-R" style="font-family:monospace;"><span style="font-size:130%;">x </span><span style=";font-size:130%;" ><-</span><span style="font-size:130%;"> <a href="http://inside-r.org/r-doc/base/rep"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">rep</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >1</span><span style=";font-size:130%;" >:</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >10</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> each=</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >10</span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style=";font-size:130%;" >+</span><span style="font-size:130%;"> <a href="http://inside-r.org/r-doc/stats/rnorm"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">rnorm</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >100</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >0</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >0.2</span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span><span style="font-size:130%;"><br />y </span><span style=";font-size:130%;" ><-</span><span style="font-size:130%;"> <a href="http://inside-r.org/r-doc/base/rep"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">rep</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >1</span><span style=";font-size:130%;" >:</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >10</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >10</span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style=";font-size:130%;" >+</span><span style="font-size:130%;"> <a href="http://inside-r.org/r-doc/stats/rnorm"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">rnorm</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >100</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >0</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >0.2</span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span><span style="font-size:130%;"><br />z </span><span style=";font-size:130%;" ><-</span><span style="font-size:130%;"> <a href="http://inside-r.org/r-doc/stats/rnorm"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">rnorm</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >100</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >6</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >1</span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span><span style="font-size:130%;"><br />procesionaria </span><span style=";font-size:130%;" ><-</span><span style="font-size:130%;"> <a href="http://inside-r.org/r-doc/stats/rpois"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">rpois</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >100</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> lambda = </span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >5</span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span><span style="font-size:130%;"><br />procesionaria.col </span><span style=";font-size:130%;" ><-</span><span style="font-size:130%;"> <a href="http://inside-r.org/r-doc/base/cut"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">cut</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="font-size:130%;">procesionaria</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> breaks=<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">c</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >0</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >5</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >10</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >50</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >100</span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> <a href="http://inside-r.org/r-doc/base/labels"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">labels</span></a>=<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">c</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="color: rgb(0, 0, 255);font-size:130%;" >"greenyellow"</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(0, 0, 255);font-size:130%;" >"green2"</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(0, 0, 255);font-size:130%;" >"forestgreen"</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> </span><span style="color: rgb(0, 0, 255);font-size:130%;" >"darkgreen"</span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span><span style="font-size:130%;"><br /><a href="http://inside-r.org/r-doc/base/table"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">table</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="font-size:130%;">procesionaria.col</span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span><span style="font-size:130%;"><br /><br /><a href="http://inside-r.org/r-doc/base/library"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">library</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="font-size:130%;"><a href="http://inside-r.org/packages/cran/scatterplot3d"><span style="">scatterplot3d</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span><span style="font-size:130%;"><br /><a href="http://inside-r.org/packages/cran/scatterplot3d"><span style="">scatterplot3d</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="font-size:130%;">x = x</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> y = y</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> z = z</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> type=</span><span style="color: rgb(0, 0, 255);font-size:130%;" >"h"</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> cex.symbols=</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >5</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> pch=</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >19</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> color=procesionaria.col</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> xlab=</span><span style="color: rgb(0, 0, 255);font-size:130%;" >""</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> ylab=</span><span style="color: rgb(0, 0, 255);font-size:130%;" >""</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> zlab=</span><span style="color: rgb(0, 0, 255);font-size:130%;" >"Altura"</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="font-size:130%;"> zlim=<a href="http://inside-r.org/r-doc/base/c"><span style="color: rgb(0, 51, 153); font-weight: bold;">c</span></a></span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >(</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >0</span><span style="color: rgb(51, 153, 51);font-size:130%;" >,</span><span style="color: rgb(204, 102, 204);font-size:130%;" >10</span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span><span style="color: rgb(0, 153, 0);font-size:130%;" >)</span></pre></div></div><p><a href="http://www.inside-r.org/pretty-r" title="Created by Pretty R at inside-R.org">Created by Pretty R at inside-R.org</a></p><span style="font-size:130%;">Y el resultado sería este:<br /><br /></span><div style="text-align: justify;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg1utO69AsWNnpQ6p07DR4s758KGb0bi_Kv-Scs_uoh-nH45w2a083eNiz_eDvwlX12nifh2JcUUxjjLNiprEFwzxicEoqltED7NAam0uj4pinnP0NSiZvg0eUJOXpyRr_SNwLcvALJXMsW/s1600/bosque.png"><img style="display: block; margin: 0px auto 10px; text-align: center; cursor: pointer; width: 400px; height: 233px;" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg1utO69AsWNnpQ6p07DR4s758KGb0bi_Kv-Scs_uoh-nH45w2a083eNiz_eDvwlX12nifh2JcUUxjjLNiprEFwzxicEoqltED7NAam0uj4pinnP0NSiZvg0eUJOXpyRr_SNwLcvALJXMsW/s400/bosque.png" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5584302995978085378" border="0" /></a><span style="font-size:130%;">Modificando los argumentos de la función <span style="font-family:courier new;">scatterplot3d()</span> podemos hacer que el color de los árboles sea representativo del grado de infestación por procesionaria (más oscuro más infestado). También podríamos, si quisiéramos, hacer que el símbolo de copa representara la especie.</span><br /><br /><span style="font-size:130%;">Por cierto, gracias <a href="http://ajperezluque.blogspot.com/">Antonio</a> por enseñarme <a href="http://www.inside-r.org/pretty-r">Pretty R</a> para incorporar código de R en mis entradas.</span> <span style="font-size:130%;">¡Con todo el tiempo que llevo en ésto y todavía no lo conocía!</span><br /></div>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-21896812469173868342011-01-25T23:35:00.011+01:002011-01-31T12:49:04.461+01:00Problemas de convergencia en el escalamiento multidimensional no métrico (NMDS) ¿Qué hacer?<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">El <span style="font-weight: bold;">escalamiento multidimensional no métrico</span> (NMS, MDS, NMDS o NMMDS) es una técnica multivariante de interdependencia que trata de representar en un espacio geométrico de pocas dimensiones las proximidades existentes entre un conjunto de objetos. El NMDS es un m</span><span style="font-size:130%;">é</span><span style="font-size:130%;">todo de ordenación adecuado para datos que no son normales o que están en una escala discontinua o arbitraria. Una ventaja del NMDS frente a otras t</span><span style="font-size:130%;">é</span><span style="font-size:130%;">cnicas de ordenación es que, al estar basada en rangos de distancias, tiende a linealizar la relación entre las distancias ambientales y las distancias biológicas (esto es, calculadas a partir de una matriz de sitios x especies). Una de las desventajas de esta técnica es la di cultad para alcanzar una solución estable única. A pesar de ello, el NMDS es una técnica ampliamente utilizada en ecología para detectar gradientes en comunidades biológicas.</span><br /><br /><span style="font-size:130%;">El NMDS se implementa de la siguiente forma:</span><br /><ol><li><span style="font-size:130%;">Se calcula la matriz de disimilaridad X a partir de la matriz de datos de sitios x especies. Esta matriz nos indica cómo de iguales son cada par de sitios utilizando para ello la similaridad entre sus especies. Supongamos que tenemos tres especies (sp1, sp2, sp3) y tres sitios (A, B, C). El sitio A tiene sp1 = 3, sp2 = 0 y sp3 = 8. El sitio B tiene sp1 = 3, sp2 = 0 y sp3 = 6. El sitio C tiene sp1 = 0, sp2 = 5 y sp3 = 1. Por tanto, podemos calcular una matriz de disimilaridad que nos indique con números que los sitios A y B son muy iguales, mientras que los sitios A y C y B y C son muy distintos entre sí. Cuando se trata de datos biológicos la distancia más usada es la distancia de Sorensen (Bray-Curtis) en vez de la distancia Euclídea.</span></li><li><span style="font-size:130%;">Se asignan los sitios (unidades muestrales) a una con guración inicial aleatoria en un espacio k-dimensional (dónde k es el número de especies), aunque en realidad, la ordenación se va a realizar principalmente sobre unas pocas dimensiones (2 o 3).</span></li><li><span style="font-size:130%;">Se calculan las distancias sobre este nuevo espacio geométrico y se calcula una matriz de distancia Y .</span></li><li><span style="font-size:130%;">Se comparan las matrices de distancia X e Y y se mide cómo son de parecidas entre ellas (stress).</span></li><li><span style="font-size:130%;">A partir de la con guración inicial, se reasignan los sitios (unidades muestrales) para reducir las distancias con la matriz X.</span></li><li><span style="font-size:130%;">Se repite este proceso de manera iterativa hasta que se consigue una solución óptima en dónde la matriz de distancias Y es muy parecida a la matriz de distancias X. Esto es, se minimiza el stress.</span></li></ol><span style="font-size:130%;">En R tenemos una implementación de esta función (<span style=";font-family:courier new;font-size:130%;" >metaMDS</span>) en el paquete <span style="font-size:130%;"><a href="http://cc.oulu.fi/%7Ejarioksa/softhelp/vegan.html"><span style="font-family:courier new;">vegan</span></a></span>.</span><br /><br /><span style="font-size:130%;"><span style="font-weight: bold;">Problemas de convergencia</span></span><br /><br /><span style="font-size:130%;">Uno de los problemas que pueden surgir a la hora de realizar un NMDS en R es el de la convergencia a la hora de encontrar una solución óptima</span><span style="font-size:130%;">. Esto ocurre porque existen dos sitios (o más) que tienen exactamente la misma composición de especies. Es decir, todos los sitios tienen que tener una composición de especies única (puede ser muy parecida pero no exactamente iguales). <span style="font-weight: bold;">Todavía no se muy bien si esto es una premisa del NMDS como tal o simplemente un resultado de su implementación en R</span>. Lo que está claro es que el NMDS está basado en distancias y puede darse el caso de que la distancia entre dos sitios sea 0 </span><span style="font-size:130%;">(independientemente del método que utilicemos para calcular dichas distancias)</span><span style="font-size:130%;">, lo que implicaría que su composición de especies sea exactamente igual. Por lo tanto no es un problema de cálculo de distancias sino del algoritmo que realiza el NMDS.</span><br /><br /><span style="font-size:130%;">Aunque desconozco todavía el motivo de este error, existe una forma de solucionar el problema. La idea es sencilla. Consiste en incluir un pequeño ruido aleatorio en los números que forman la matriz de datos. Este error debe de ser lo suficientemente pequeño como para no alterar las distancias multidimensionales entre pares de sitios, pero conseguirán que los valores de composición no sean exactamente iguales. Y aunque al tratarse de abundancias de especies los datos deberían de ser enteros, no supone un problema análitico el meter un ruido aleatorio que sea de tipo decimal. Veámoslo con un ejemplo.</span><br /><br /><span style="font-size:130%;">Creamos una matriz de datos de abundancia con 10 sitios y 10 especies:</span><br /></div><span style="font-size:130%;"><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >m <- matrix(rpois(100, 1), nrow=10, ncol=10)</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >colnames(m)<- paste("sp", c(1:10), sep="")</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >rownames(m) <- paste("sitio", c(1:10), sep="_")</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >m</span><br /><span style="font-family:courier new;"><br /> sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7 sp8 sp9 sp10</span><br /><span style="font-family:courier new;">sitio_1 1 1 0 4 4 2 1 1 1 0</span><br /><span style="font-family:courier new;">sitio_2 2 1 2 1 0 3 1 0 1 0</span><br /><span style="font-family:courier new;">sitio_3 0 0 2 1 0 1 0 0 0 1</span><br /><span style="font-family:courier new;">sitio_4 2 1 2 0 2 1 1 0 0 0</span><br /><span style="font-family:courier new;">sitio_5 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0</span><br /><span style="font-family:courier new;">sitio_6 1 1 0 0 0 1 2 1 1 0</span><br /><span style="font-family:courier new;">sitio_7 2 1 1 1 0 2 0 2 1 0</span><br /><span style="font-family:courier new;">sitio_8 1 0 3 1 0 2 2 1 1 0</span><br /><span style="font-family:courier new;">sitio_9 0 1 1 2 1 3 0 1 0 0</span><br /><span style="font-family:courier new;">sitio_10 0 2 6 1 1 2 0 0 1 1</span><br /><br /></span><div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">La analizamos en R con la función <span style="font-size:130%;"><span style="font-family:courier new;">metaMDS</span></span> del paquete <span style="font-size:130%;"><span style="font-family:courier new;">vegan</span></span>.</span><br /><br /></div><span style="font-size:130%;"><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >library(vegan)</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >set.seed(0)</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >nmds1 <- metaMDS(m)</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >plot(nmds1)</span><br /><br /></span><div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">Como vemos, todo va bien. Ahora vamos a crear una nueva fila (sitio) en la matriz m que tendrá la misma abundancia que el <span style=";font-family:courier new;font-size:130%;" >sitio_1</span>.</span><br /></div><span style="font-size:130%;"><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >m2 <- rbind(m, m[1,])</span><br /></span><span style=";font-family:courier new;font-size:130%;" ><span style="color: rgb(0, 0, 153);">rownames(m2) <- paste("sitio", c(1:11), sep="_")</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);">m2</span><br /><br /> sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7 sp8 sp9 sp10<br />sitio_1 1 1 0 4 4 2 1 1 1 0<br />sitio_2 2 1 2 1 0 3 1 0 1 0<br />sitio_3 0 0 2 1 0 1 0 0 0 1<br />sitio_4 2 1 2 0 2 1 1 0 0 0<br />sitio_5 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0<br />sitio_6 1 1 0 0 0 1 2 1 1 0<br />sitio_7 2 1 1 1 0 2 0 2 1 0<br />sitio_8 1 0 3 1 0 2 2 1 1 0<br />sitio_9 0 1 1 2 1 3 0 1 0 0<br />sitio_10 0 2 6 1 1 2 0 0 1 1<br />sitio_11 1 1 0 4 4 2 1 1 1 0<br /></span><br /><div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">Y analizamos esta nueva matriz de datos con la función <span style="font-size:130%;"><span style="font-family:courier new;">metaMDS</span></span>.</span><br /></div><span style="font-size:130%;"><br /></span><span style="font-size:130%;"><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >set.seed(0)</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >nmds2 <- metaMDS(m2)</span><br /><span style="font-family:courier new;"><br />Error in metaMDSdist(comm, distance = distance, autotransform = autotransform, : </span><br /><span style="font-family:courier new;"> Zero dissimilarities are not allowed</span><br /><br /></span><div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">Resolvemos el problema. Vamos a meter ruido únicamente en los valores > 0.</span><br /></div><span style="font-size:130%;"><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >m3 <- m2</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >for(i in 1:dim(m2)[2]){</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" > m3[, i] <- ifelse(m2[,i] > 0, jitter(m2[,i],<br />factor=1e-05), m2[,i])</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" > }</span><br /><br /></span><div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">Y ahora analizamos la matriz m3 con la función <span style="font-size:130%;"><span style="font-family:courier new;">metaMDS()</span></span>.</span><br /></div><span style="font-size:130%;"><br /></span><span style="font-size:130%;"><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >set.seed(0)</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" > nmds3 <- metaMDS(m3)</span><br /><span style="color: rgb(0, 0, 153);font-family:courier new;" >plot(nmds3)</span><br /><br /></span><div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">El único problema a este enfoque es la replicabilidad exacta de los resultados. Al utilizar la función <span style=";font-family:courier new;font-size:130%;" >set.seed(0)</span> hacemos que la configuración inicial del NMDS sea siempre la misma. Sin embargo, al meter un ruido aleatorio con la función <span style=";font-family:courier new;font-size:130%;" >jitter()</span> cada vez que corremos el código vamos a crear matrices ligeramente distintas y el gráfico de ordenación que obtengamos será distinto cada vez, aunque la posición relativa de los puntos va a ser muy parecida siempre. Si queremos evitar este problema podríamos salvar la matriz <span style="font-family:courier new;">m3</span> como un archivo de texto y leer esos mismos datos cada vez que vayamos a repetir el análisis. Esto solucionaría el problema.</span><br /><span style="font-size:130%;"> </span><br /><span style="font-size:130%;">Si alguien averigua por qué ocurre este problema de convergencia en R que por favor me lo diga. Se puede encontrar más información sobre análisis multivariante <a href="http://dl.dropbox.com/u/2736772/R%20course/6-Analisis%20multivariante.pdf">aquí</a>.</span><br /></div>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-64331952171099851502010-12-14T15:45:00.005+01:002010-12-14T19:22:07.155+01:00La persistencia de la lactasa en Europa<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">La mayoría de las personas adultas en el mundo no producen la enzima lactasa y por tanto <a href="http://luiscayuela.blogspot.com/2010/08/es-la-leche-sana-y-saludable.html">no son capaces de digerir la lactosa que se encuentra en la leche.</a> Esta enzima está presente en los recién nacidos, pero desaparece a la edad del destete, entre los dos y los tres años, edad en la que ya no se hace necesario digerir la lactosa que se encuentra presente en la leche materna. En Europa, así como en algunas poblaciones pastorales de África, Oriente Medio y el sur de Asia, se da la condición de que muchos adultos siguen produciendo lactasa. A este fenómeno se le conoce como "<span style="font-weight: bold;">persistencia de la lactasa</span>". En Europa esta condición se produce entre el 15% y el 54% de la población de los países del sur y este de Europa, entre el 62% y el 86% de la población de Europa central y occidental y entre el 89% y el 96% de la población de las Islas Británicas y Escandinavia. La persistencia de la lactasa está asociada con una mutación en el gen MCM6 a la que se la denomina -13,910*T. Curiosamente, la persistencia de la lactasa que manifiestan las poblaciones pastorales de África, Oriente Medio y el sur Asia no está asociada a este gen, sino a otros, lo que apunta claramente a un fenómeno de<span style="font-weight: bold;"> convergencia evolutiva.</span></span><br /><br /><span style="font-size:130%;">Este estudio investiga mediante técnicas genéticas, datos arqueológicos y sofisticadas técnicas de análisis estadístico el origen de la persistencia de la lactasa en Europa. Los resultados muestran que la aparición de la mutación -13,910*T apareció hace aproximadamente unos 7500 años y se extendió como consecuencia de procesos de selección natural. Dado que el consumo de leche fresca no fue posible sin la domesticación de los animales, es muy probable que <span style="font-weight: bold;">la persistencia de la lactasa coevolucionara con la práctica cultural del ordeño</span>. Aunque el epicentro geográfico de la mutación se encuentra actualmente en el norte de Europa, los resultados del estudio parecen indicar que se originó en la región de los Balcanes y Europa central y que posteriormente se extendió hacia el norte de Europa.<br /><br /><span style="font-weight: bold;">Referencia</span><br /><br /></span></div><div style="text-align: justify;"><span style="float: left; padding: 5px;font-size:130%;" ><a href="http://www.researchblogging.org/"><img alt="ResearchBlogging.org" src="http://www.researchblogging.org/public/citation_icons/rb2_large_gray.png" style="border: 0pt none;" /></a></span><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=PLoS+computational+biology&rft_id=info%3Apmid%2F19714206&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=The+origins+of+lactase+persistence+in+Europe.&rft.issn=1553-734X&rft.date=2009&rft.volume=5&rft.issue=8&rft.spage=&rft.epage=&rft.artnum=&rft.au=Itan+Y&rft.au=Powell+A&rft.au=Beaumont+MA&rft.au=Burger+J&rft.au=Thomas+MG&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CEcology" style="font-size:130%;">Itan Y, Powell A, Beaumont MA, Burger J, & Thomas MG (2009). The origins of lactase persistence in Europe. <span style="font-style: italic;">PLoS computational biology, 5</span> (8) PMID: <a rev="review" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19714206">19714206</a></span></div>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-84619966907426260762010-10-19T11:09:00.007+02:002010-10-19T12:31:25.583+02:00¿Afecta lo que comes al medio ambiente?<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">Más allá del tópico "¿eres lo que comes?" nuestra dieta puede influir no sólo a nuestra salud, sino también al medio ambiente. Varios estudios científicos dan evidencias de ello.<br /><br />El estudio de Luigi Baroni (<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17035955">Baroni <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2007</a>) realizado con base en distintos tipos de dietas y sistemas de producción en Italia demuestra que las <span style="font-weight: bold;">dietas omnívoras tienen un impacto mucho mayor que las dietas vegetarianas</span> o veganas. La razón de ello radica en el hecho de que es mucho más costoso (energética y ambientalmente) producir una caloría de carne (que requiere 40 calorías de combustible) que una caloría de vegetal (que requiere en promedio 2.2 calorías de combustible). La producción de carne (y en menor medida también la producción de otros productos derivados como la leche o el queso) es, por tanto, muy ineficiente y consume una gran cantidad de recursos naturales, entre ellos combustibles fósiles. En Europa, por ejemplo, producimos proteínas vegetales suficientes para alimentar a toda la población europea, pero no tenemos proteínas vegetales suficientes para alimentar a todo el ganado, por lo que cerca del 80% de los productos vegetales utilizados en alimentación animal se importan de otros países. En estos países la producción intensiva de cultivos (como la soja en Brasil y Argentina) ha reemplazado a muchos sistemas extensivos de policultivos o, lo que es mucho más alarmante, bosques nativos como la selva Amazónica, cuya destrucción es causada en gran medida por la producción de grano y forraje para la alimentación del ganado de Estados Unidos y Europa.<br /><br />Uno de los mayores impactos en lo que a consumo de recursos naturales se refiere es el <span style="font-weight: bold;">consumo de agua</span>. Las actividades agropecuarias son responsables del 70% del consumo de agua dulce en todo el planeta, mientras que sólo el 22% se utiliza en la industria y el 8% se destina a uso doméstico. La mayor parte del agua utilizada en estas actividades se destina a la producción (a veces intensificada mediante la implementación de sistemas de regadío) de cereales o plantas oleaginosas (soja, girasol, algodón, lino, etc.), de las cuales cerca del 50% son destinadas al consumo de ganado. Una gran cantidad de agua es también consumida directamente por el ganado y, una parte nada despreciable se dedica al mantenimiento (limpieza) de establos, centrales lecheras, mataderos, etc. ¿Y qué hacemos con los excedentes que, en forma de excretas, se derivan de los sistemas intensivos de producción de carne? En un sistema de producción extensivo, estas excretas suponen un fertilizante natural muy potente, pero cuando el ganado está estabulado, los residuos generalmente crean un problema ambiental importante, pudiendo llegar a contaminar el agua de los ríos e incluso de los acuíferos.<br /><br />Otro estudio más actual (<a href="http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6VCB-50G5H7C-1&_user=9607306&_coverDate=12%2F31%2F2010&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=search&_origin=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1504177206&_rerunOrigin=google&_acct=C000047352&_version=1&_urlVersion=0&_userid=9607306&md5=4da24d6fa4862e8447963dbeb1118c0c&searchtype=a">Deckers 2010</a>) apunta a que el principal impacto derivado de los sistemas actuales de producción de carne sería la <span style="font-weight: bold;">emisión de gases de efecto invernadero</span> a la atmósfera, lo que contribuiría en cerca de un 50% al calentamiento global. De seguir creciendo la población mundial y el consumo de carne, para el 2050 la contribución de la ganadería a las emisiones de gases de efecto invernadero sería de entre el 66.9% y el 83.7% según distintos escenarios. Y esto asumiendo de forma optimista que la producción de carne generaría un 20% menos de emisiones como consecuencia del aumento en eficiencia de los sistemas de producción. En otro artículo publicado en la prestigiosa revista <a href="http://www.thelancet.com/"><span style="font-style: italic;">The Lancet</span></a>, <a href="http://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736%2807%2961256-2/abstract">Anthony J. McMichael y colaboradores (2007)</a> proponen que para reducir las emisiones de gases de efecto invernadero de aquí al año 2050 se debería <span style="font-weight: bold;">reducir el consumo promedio de carne per cápita</span> de 100 gr a 90 gr diarios. Parece una reducción muy pequeña, pero hay que considerar que en la mayoría de los países industrializados, el consumo promedio de carne por día es muy superior a esta cifra (en el caso de Estados Unidos por ejemplo, el consumo promedio por día es de 218 gr).<br /><br />Otros argumentos a favor de disminuir el consumo de carne tienen que ver con la salud, incluyendo aquí el uso de sustancias nocivas como antibióticos y hormonas que se le suministra al ganado estabulado en sistemas industrializados de producción (<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1867957/">Sapkota <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2007</a>). Algunas personas también utilizan argumentos éticos en relación al sufrimiento de animales bajo los sistemas de producción intensivos. A estos y otros respectos, el libro recientemente publicado de <a href="http://www.earthscan.co.uk/?tabid=102354">Joyce D'Silva y John Webster (2010)</a> se convierte una referencia imprescindible.<br /><br />Resumiendo: <span style="font-weight: bold;">el principal problema no es consumir carne, sino que los sistemas de producción de carne son más inefectivos que los de producción vegetal. Si a esto sumamos que la población mundial sigue creciendo y que el consumo de carne per cápita también crece</span> (se ha multiplicado por cuatro en el último medio siglo), el problema se hace más que patente. Nos movemos (en realidad ya estamos) hacia un modelo insostenible de producción, por lo que hace falta promover un cambio y generar nuevas alternativas. ¿El cambio? Disminuir nuestro consumo de carne a nivel individual ¿Las alternativas? Sistemas de producción orgánicos que tengan un menor impacto ambiental.<br /><br /><span style="font-weight: bold;">Referencias</span><br /></span><ul><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17035955">Baroni, L., Cenci, L., Tettamanti, M. & Berati, M. 2007. Evaluating the environmental impact of various dietary patterns combined with different food production systems. <span style="font-style: italic;">European Journal of Clinical Nutrition</span> <span style="font-weight: bold;">61(2)</span>: 279-286</a>.</span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6VCB-50G5H7C-1&_user=9607306&_coverDate=12%2F31%2F2010&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=search&_origin=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1504191798&_rerunOrigin=google&_acct=C000047352&_version=1&_urlVersion=0&_userid=9607306&md5=88cb287444e8fd86114e137891b0494f&searchtype=a">Deckers, J. 2010. Should the consumption of farmed animals product be restricted, and if so, by how much? <span style="font-style: italic;">Food Policy</span> <span style="font-weight: bold;">35</span>: 497-503</a>.</span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://www.earthscan.co.uk/?tabid=102354">D'Silva, J. & Webster, J. (Eds.) 2010. <span style="font-style: italic;">The Meat Crisis. Developing more sustainable production and consumption</span>. Earthscan, London</a>.</span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736%2807%2961256-2/abstract">McMichael, A., Powles, J., Butler, C. & Uauy, R. 2007. Food, livestock production, energy, climate change, and health. <span style="font-style: italic;">The Lancet</span> <span style="font-weight: bold;">370</span>: 1253-1263</a>.</span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1867957/">Sapkota, A.R., Lefferts, L.Y., McKenzie, S. & Walker, P. 2007. What do we feed to food-production animals? A review of animal feed ingredients and their potential impacts on human health. <span style="font-style: italic;">Environmental Health Perspectives</span> <span style="font-weight: bold;">115(5)</span>: 663-670</a>.<br /></span></li></ul></div>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-62195907207991928382010-09-08T09:32:00.003+02:002010-09-08T09:49:42.395+02:00Revistas relacionadas con Producción de Materias Primas<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">Este año he empezado a impartir una asignatura nueva en el nuevo grado de Ciencia y Tecnología de los Alimentos titulada <span style="font-weight: bold;">Producción de Materias Primas</span>. Como este es un tema relativamente nuevo para mi, estoy investigando qué revistas científicas publican cosas interesantes en el área de <span style="font-weight: bold;">agricultura</span> y <span style="font-weight: bold;">alimentación</span>. He aquí un primer listado (se agradecerán nuevas aportaciones) de revistas que pueden ser de interés en la materia:</span><br /></div><ul style="font-style: italic;"><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://springerlink.metapress.com/content/102841/">Agriculture and Human Values</a></span></li><li><a href="http://www.tandf.co.uk/journals/titles/03650340.asp"><span style="font-size:130%;">Archives of Agronomy and Soil Science</span></a></li><li><a href="http://www.tandf.co.uk/journals/authors/gaanauth.asp"><span style="font-size:130%;">Archives of Animal Nutrition</span></a></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://springerlink.metapress.com/link.asp?id=100491">European Food Research and Technology</a></span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://journals.cambridge.org/bin/bladerunner?REQUNIQ=1114677129&REQSESS=6324998&116000REQEVENT=&REQSTR1=EAG&REQAUTH=0">Experimental Agriculture</a></span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://springerlink.metapress.com/link.asp?id=102917">Irrigation and Drainage Systems</a></span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://springerlink.metapress.com/link.asp?id=100432">Irrigation Science</a></span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://springerlink.metapress.com/link.asp?id=102919">Journal of Agricultural and Environmental Ethics</a></span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://journals.cambridge.org/bin/bladerunner?REQUNIQ=1114677129&REQSESS=6324998&116000REQEVENT=&REQSTR1=DAR&REQAUTH=0">Journal of Dairy Research</a></span></li><li><a href="http://www.tandf.co.uk/journals/titles/09571264.asp"><span style="font-size:130%;">Journal of Wine Research</span></a></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://springerlink.metapress.com/link.asp?id=102980">Plant Foods for Human Nutrition (Formerly Qualitas Plantarum)</a></span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://springerlink.metapress.com/link.asp?id=103317">Precision Agriculture</a></span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://springerlink.metapress.com/link.asp?id=102032">Sciences of Soils</a></span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://journals.cambridge.org/bin/bladerunner?REQUNIQ=1114677129&REQSESS=6324998&116000REQEVENT=&REQSTR1=AGS&REQAUTH=0">The Journal of Agricultural Science</a></span></li><li><span style="font-size:130%;"><a href="http://springerlink.metapress.com/link.asp?id=103008">Tropical Animal Health and Production</a></span></li></ul><div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">También es muy interesante el <a style="font-style: italic;" href="http://www.ers.usda.gov/publications/foodreview/Archives/">Food Reviews</a>, publicado por el <span style="font-style: italic;">Economic Research Service</span> del Departamento de Agricultura de los Estados Unidos.</span><br /></div>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-38201451111415906822010-09-07T14:39:00.011+02:002010-09-08T11:50:14.902+02:00Un nuevo método para identificar "puntos calientes" de diversidad<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;">Uno de los principales intereses de los biólogos de la conservación es la de </span><span style="font-weight: bold;font-size:130%;" >priorizar áreas para la conservación</span><span style="font-size:130%;">. De manera muy sencilla, ésto suele hacerse de la siguiente forma:</span>
<br /></div><div style="text-align: justify;"><span style="font-size:130%;"></span><ol><li><span style="font-size:130%;">Se seleccionan las áreas que se quieren priorizar. Éstas pueden tener una forma irregular (ej. parcelas forestales con tamaño y forma distinta) o regular (ej. celdas de 1 x 1, 5 x 5 o 10 x 10 km en las que un determinado territorio es dividido);</span></li><li><span style="font-size:130%;">Se caracterizan dichas áreas de acuerdo a una o varias variables. Generalmente se utiliza la riqueza de especies (de uno o varios grupos taxonómicos), aunque también se puede utilizar la rareza, la vulnerabilidad o una combinación de todos estos índices (<a href="http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6V5X-4899XGK-8&_user=885402&_coverDate=12%2F31%2F2003&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=search&_origin=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1453336840&_rerunOrigin=google&_acct=C000047352&_version=1&_urlVersion=0&_userid=885402&md5=074b4aa96196cddfe71ab617c96c689c&searchtype=a">Rey Benayas & de la Montaña 2004</a>);</span></li><li><span style="font-size:130%;">Se ordenan estas áreas en orden descendente, siendo las más importantes la que más riqueza, rareza o vulnerabilidad tienen.</span></li><li><span style="font-size:130%;">Se define un criterio para seleccionar sólo un pequeño número de estas áreas. Este criterio suele indicar la selección de un porcentaje de las áreas más importantes para la conservación de acuerdo a la(s) variable(s) seleccionada(s) sobre el total de áreas (ej. 1%, 5% o 10%). Obviamente, este criterio es <span style="font-weight: bold;">totalmente arbitrario</span> y depende de cada caso de estudio y de las preferencias del o de los investigadores que lo realizan para resaltar un número mayor o menor de áreas importantes para la conservación.
<br /></span></li></ol>
<br /><span style="font-size:130%;">Cuando la variable utilizada para hacer la priorización es la riqueza de especies, los científicos suelen hablar de identificar "puntos calientes" de diversidad, aunque en realidad lo que están haciendo es priorizar unas zonas sobre otras en función del número de especies que tengan. Uno de los artículos más paradigmáticos en este contexto es el de <a href="http://www.nature.com/nature/journal/v403/n6772/abs/403853a0.html">Myers <span style="font-style: italic;">et al.</span> (2000)</a> en el que se identifican los "puntos calientes" de diversidad a nivel global, aunque esto mismo se puede hacer a escala regional o de paisaje (ej. <a href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1466-8238.2006.00255.x/abstract">Cayuela <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2006</a>, <a href="http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6V5X-509Y4BV-2&_user=885402&_coverDate=09%2F30%2F2010&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=search&_origin=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1453345944&_rerunOrigin=scholar.google&_acct=C000047352&_version=1&_urlVersion=0&_userid=885402&md5=1766f2c7740686ad4480bb18ad0cf43e&searchtype=a">Altamirano <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2010</a>).
<br /></span>
<br /><span style="font-weight: bold;font-size:130%;" >Una propuesta interesante</span>
<br /> <div style="text-align: justify;"><meta equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"> <title></title> <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 3.0 (Linux)"> <style type="text/css"> <!-- @page { margin: 0.79in } P { margin-bottom: 0.08in } --> </style> <p style="margin-bottom: 0in;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">Recientemente, <a href="http://www.springerlink.com/content/27h06k626311g972/">Bartolino <span style="font-style: italic;">et al.</span> (2010)</a> en un artículo publicado en <a href="http://www.springer.com/life+sciences/ecology/journal/10144"><span style="font-style: italic;">Population Ecology</span></a>, proponen un nuevo método para identificar "puntos calientes" de diversidad de forma objetiva. Su aproximación es bastante sencilla y aparentemente robusta. Los pasos a seguir son:
<br /></span></p></div><span style="font-size:130%;"></span><ol><li><span style="font-size:130%;">Se cuantifica la riqueza de especies (generalmente de uno o unos pocos táxones) en todas las unidades muestrales (localidades, sitios, celdas de 10 x 10 km, etc).</span></li><li><span style="font-size:130%;">Se calcula la frecuencia de unidades muestrales que caen en cada valor de riqueza de especies. Por ejemplo, hay 3 localidades con 15 especies, 6 con 16 especies, 9 con 17 especies, y así sucesivamente hasta el máximo, que pongamos que es 1 localidad que tiene 82 especies.</span></li><li><span style="font-size:130%;">Se dibuja un gráfico de la frecuencia acumulada de especies (eje <span style="font-style: italic;">y</span>) para cada valor de riqueza (eje <span style="font-style: italic;">x</span>). Estos valores se van a relativizar. Cada valor de frecuencia se divide por el total de unidades muestrales y cada valor de riqueza se divide por la máxima riqueza de especies encontrada en toda el área de estudio (82 en nuestro ejemplo anterior). El gráfico resultante se muestra en la figura 1a) y d) para dos ejemplos propios con datos de riqueza de aves (a) y plantas herbáceas (d) en áreas naturales protegidas de Centroamérica y en celdas de 10 x 10 km en el Reino Unido, respectivamente.</span></li><li><span style="font-size:130%;">Se calcula la pendiente en cada punto. Ésta se muestra en la gráfica 1c) y f) para los dos casos de estudio anteriores. Según Bartolino y colaboradores las localidades que tienen una pendiente menor a 45º representan zonas dónde la riqueza de especies se encuentra en densidades altas mientras que las que tienen una pendiente mayor a 45º representan zonas dónde la riqueza de especies se encuentra en densidades bajas.</span></li><li><span style="font-size:130%;">Estos autores sugieren que los "puntos calientes" de riqueza pueden ser aquellos en los que haya una pendiente menor a 45º a partir del punto de riqueza mayor que cumpla que la pendiente es = 45º.
<br /></span></li></ol><div style="text-align: center;"><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjqaJMtCIN9LI1DO6cWNh5XnxUYYqFWGZgUZn-a7Hk4Cw-tu-1SE4Am0j-bmUsK5S9V1o_yKMTy2ye2ladypYTG8FwE5FC2ZegzOLAc_xlD9hufegfRLupAU7YZPrnlyljDRrQlpIkbguhz/s1600/Figure1.jpeg"><img style="display: block; margin: 0px auto 10px; text-align: center; cursor: pointer; width: 400px; height: 267px;" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjqaJMtCIN9LI1DO6cWNh5XnxUYYqFWGZgUZn-a7Hk4Cw-tu-1SE4Am0j-bmUsK5S9V1o_yKMTy2ye2ladypYTG8FwE5FC2ZegzOLAc_xlD9hufegfRLupAU7YZPrnlyljDRrQlpIkbguhz/s400/Figure1.jpeg" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5514452917891250978" border="0" /></a><span style="font-weight: bold;">Figura 1.</span> Curvas de frecuencia acumulada de la riqueza relativa de especies (a, d), frecuencia (no acumulada) de la riqueza de especies (b, e) y la pendiente de la tangente a la curva de frecuencia acumulada (c, f) para dos casos de estudio. El primero hace referencia a la riqueza de aves en áreas naturales protegidas de Centroamérica (desde Guatemala hasta Panamá) excluyendo las islas (a, b, c) (F. Suzart <span style="font-style: italic;">et al.</span>, en revisión). El segundo hace referencia a la riqueza de plantas herbáceas en celdas de 10 x 10 k en Reino Unido (d, e, f) (F. Suzart <span style="font-style: italic;">et al.</span>, en preparación).
<br /></div>
<br /><span style="font-weight: bold;font-size:130%;" >Pero no es oro todo lo que reluce...</span>
<br /> <meta equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"> <title></title> <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 3.0 (Linux)"> <style type="text/css"> <!-- @page { margin: 0.79in } P { margin-bottom: 0.08in } --> </style> <p style="margin-bottom: 0in;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">El enfoque de Bartolino y colaboradores parece realmente prometedor y una forma objetiva para realmente seleccionar "puntos calientes" de riqueza o diversidad. Sin embargo, cuando uno mira en detalle el estudio se da cuenta de que no es oro todo lo que reluce y de que hay cosas que no acaban de encajar.
<br />
<br />Empecemos por la primera. Cuando se calcula la pendiente a la recta tangente a la curva que se genera (la que se muestra en la figura 1a) y d) respectivamente) nos damos cuenta de que esta condición se alcanza en muchos localidades, tanto con riquezas de especies altas como con riquezas bajas (figura 1c) y f)). Por tanto, </span><span style="font-size:130%;"><b>la afirmación de Bartolino y colaboradores de que estas áreas son zonas en dónde la riqueza de especies se encuentra en altas densidades es falsa</b></span><span style="font-size:130%;">. En realidad, una pendiente menor a 45º sólo indica que la riqueza de especies aumenta en al menos 1 por cada nueva localidad añadida al total de localidades muestreadas. Y es por eso que Bartolino y colaboradores, de forma muy inteligente, sugieren que el umbral de corte sea aquel en el que se cumpla que la pendiente es = 45º pero para aquella localidad que tenga la máxima riqueza. Pero esta regla es arbitraria. Podríamos sugerir en su lugar que se tomase el primer punto que cumpla que la pendiente es = 45º una vez superada la media o la mediana, que es la que marca la "tipicidad" de un determinado patrón, en este caso riqueza de especies. O la que cumpliera esta condición pasada el cuartil 75, etc.
<br />
<br />En el caso de las aves, el punto de corte que se obtiene utilizando este método es de 475 especies de aves. Si un área protegida tiene 475 especies de aves o maś, es un "punto caliente" de diversidad de aves. Y sino no. Pero encontramos localidades con una riqueza sólo ligeramente inferior (460, 465, 467) que además cumplen que su pendiente de la tangente a la curva de acumulación es menor a 45º y que, curiosamente, no serían clasificados como "puntos calientes" según el método aquí descrito... ¿por qué? La respuesta es: "por arbitrariedad".</span></p> <p style="margin-bottom: 0in;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">
<br />En definitiva, el método de Bartolino </span><span style="font-size:130%;"><i>et al. </i></span><span style="font-size:130%;">(2010), aunque elegante, sencillo y fácil de implementar, es igual de arbitrario que los métodos utilizados hasta el momento, con la diferencia de que nos exime de la responsabilidad y del ejercicio intelectual que supone tener que reflexionar sobre el contexto, las necesidades y las posibilidades de conservación de cada caso de estudio concreto. No puede haber métodos objetivos para la selección de "puntos calientes" de diversidad, pero esto no supone, en mi opinión, ningún impedimento para seguir investigando qué áreas tienen más o menos especies de cara a promover una conservación efectiva.</span></p> <span style="font-size:130%;"><span style="font-size:100%;">
<br /><span style="font-size:85%;">Este estudio forma parte del siguiente trabajo: Cayuela, L., de Albuquerque, F.S. & Gálvez, L. Are mathematical approaches to hotspot identification biologically meaningful? Reply to Bartolino </span></span><span style="font-style: italic;font-size:85%;" >et al.</span><span style="font-size:85%;"> (2010). In prep.</span>
<br /></span></div>Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-5379832691740939005.post-35538566876313686072010-08-03T14:26:00.023+02:002010-08-05T11:26:41.920+02:00¿Es la leche sana y saludable?<div style="text-align: justify;font-family:arial;"><span style="font-size:130%;">En la literatura científica existe, desde hace años, un debate intenso sobre el papel de la leche como fuente principal de calcio en la dieta occidental. Muchos estudios cuestionan este modelo y algunos, incluso, van más allá, demostrando que <span style="font-weight: bold;">el consumo de productos lácteos es desaconsejable debido a la intolerancia a la lactosa, común en muchas personas, y puede favorecer la aparición de diversas enfermedades, como la diabetes A</span>. Este debate, por desgracia, no ha permeado al resto de la sociedad, que sigue creyendo en un modelo único que predica que la leche es buena y que, sin la leche, no tenemos suficiente cantidad de calcio en nuestra dieta, sin cuestionar ni dudar por un solo momento de su validez.</span>
<br />
<br /><span style="font-size:130%;">Cuando por primera vez escuché que la leche no era buena para la salud mi primera reacción fue la negación. Mi negación se amparaba en el inconsciente colectivo, como muchas otras supuestas verdades o verdades cuestionables, que forman parte de nuestra manera de ser, como individuos y como sociedad. Yo, como la mayoría de la gente de mi generación (y de generaciones anteriores y posteriores), me he criado tomando leche de vaca, y por tanto cuestionar esta verdad supone asumir un error sistemático en nuestra forma de alimentación. Asumir que nos hemos equivocado -o que podemos estar equivocándonos- es mucho más difícil todavía cuando se trata de la salud de nuestros hijos. Por eso mucha gente que da leche de vaca a sus hijos no quiere siquiera hacerse esta pregunta.</span></div><p></p> <p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">Cuando por segunda vez escuché esta misma idea, mi reacción fue negarla otra vez. Mi principal argumento para desmontar a mi interlocutor fue pedirle que me dijera si estas afirmaciones estaban basadas en trabajos científicos. Claro, con esto tenía la batalla ganada, porque la mayoría de la gente carece de esta información. En mi interior, no obstante, se había sembrado la semilla de la duda y empecé a cuestionar si realmente la creencia bien establecida de que la leche es un alimento bueno y casi necesario para un correcta alimentación tenía fundamento. Cuando nació mi hijo hace algo más de un año, leí algunos libros de pediatría (ej. <a href="http://www.lauragutman.com.ar/libro_revo_esp.html">Gutman 2009</a>) que me acabaron de convencer de los efectos perniciosos de la leche. Los argumentos que se daban en estos libros en contra del consumo de productos lácteos estaban supuestamente respaldados por estudios científicos (aunque no se especificaba de manera explícita). Consecuentemente mi mujer y yo decidimos que nuestro hijo no tomaría leche de vaca de manera habitual.</span></p> <p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">Como científico (aunque de otra disciplina, la ecología) soy consciente de las limitaciones de la aplicación del método científico para extraer conclusiones unívocas en relación al objeto de estudio. A veces dos estudios científicos muestran resultados totalmente contrarios con respecto a una misma pregunta. Otras, los resultados son interpretados libremente más allá del ámbito del estudio para apoyar determinadas posturas o acciones por parte de políticos, activistas, empresarios, etc. Por ello hoy, casi cuatro años después de escuchar por vez primera que el consumo de la leche no es tan bueno como nos hacen creer, he decidido buscar las evidencias científicas que respaldan una u otra teoría.</span></p><p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">Lo más sorprendente de mi búsqueda es que la información es muy accesible, y por eso todavía me pregunto como el debate no se ha movido al ámbito social y por qué mucha gente todavía se sorprende cuando oye esto por primera vez. </span><span style="font-size:130%;">Me ceñiré aquí al ámbito científico de mi búsqueda. En cuanto entras en <a href="http://scholar.google.es/schhp?hl=es"><span style="font-weight: bold;">Google académico</span></a> y escribes algunas palabras clave como "Cow milk" + "diet" aparecen un gran número de referencias a artículos científicos publicados en prestigiosas revistas médicas como <a href="http://pediatrics.aappublications.org/"><span style="font-style: italic;">Pediatrics</span></a>, <a href="http://ajph.aphapublications.org/"><span style="font-style: italic;">American Journal of Public Health</span></a> o <a href="http://www.ajcn.org/"><span style="font-style: italic;">The American Journal of Clinical Nutrition</span></a>, que hablan de la intolerancia a la lactosa, la absorción de calcio en la leche frente al calcio absorbido en otros alimentos (de origen vegetal), la leche como causante del constipado crónico, cáncer de próstata, etc. A no ser que se tenga una suscripción a estas revistas, el acceso a estos artículos no es posible, pero sí se puede consultar el resumen del artículo, que contiene una descripción de los métodos usados y de las principales conclusiones. Aún así, el lenguaje es difícilmente accesible para quién no esté acostumbrado a la jerga científica. Mi intención aquí es hacer un resumen de los principales aspectos relacionados con el consumo de la leche aportando evidencias científicas y con referencias específicas a (algunos de) los estudios en los que se basan estas afirmaciones. Esta información, como he dicho antes, no es nueva. Se pueden encontrar revisiones del tema en castellano e inglés en numerosas páginas de internet, entre las que destacaré la de José Ramón Llorente (Presidente de la Asociación Española de Nutrición Ortomolecular) "<a href="http://www.animanaturalis.org/p/1106"><span style="font-weight: bold;">La leche, ese producto pernicioso para los seres humanos</span></a>" y la página del School of Public Health de la Universidad de Harvard "<a href="http://www.hsph.harvard.edu/nutritionsource/what-should-you-eat/calcium-full-story/#calcium-from-milk"><span style="font-weight: bold; font-style: italic;">Calcium and milk: what's best for your bones and health?</span></a>".</span></p> <p style="margin-bottom: 0in; font-weight: bold;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">La leche y el calcio</span></p> <p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;"><span style="font-weight: bold;">La razón fundamental por la que los nutricionistas occidentales (no así los orientales) recomiendan tomar leche y sus derivados es porque la consideran muy nutritiva y especialmente rica en calcio, agregando que la ingesta periódica de ese mineral es imprescindible para mantener la salud, sobre todo la de los huesos.</span> La confrontación de estudios a favor y en contra de la leche radica en la cantidad requerida de calcio y en su disponibilidad para ser absorbida por el organismo. Así, en EEUU la cantidad diaria recomendada de calcio para niños es de > 1300 mg. En España, el RD 1669/2009 indica que la cantidad diaria recomendada (CDR) de calcio debe ser de 800 mg, sin hacer distinción entre niños y adultos. No todo el calcio que ingerimos con los alimentos está disponible para el organismo. Varios autores (<a href="http://www.ajcn.org/cgi/content/abstract/47/4/707">Heaney <span style="font-style: italic;">et al. </span>1988</a>, <a href="http://www3.interscience.wiley.com/journal/122531131/abstract?CRETRY=1&SRETRY=0">Charles 1992</a>, <a href="http://www.ajcn.org/cgi/content/abstract/59/5/1238S">Weaver y Pawecki 1994</a>, <a href="http://www.ajcn.org/cgi/content/abstract/70/3/543S">Weaver <span style="font-style: italic;">et al.</span> 1999</a>) coinciden en que la leche y, en general los productos lácteos, no sólo tienen mucho calcio, sino que además este calcio está disponible en una gran proporción (alrededor de un 30%) en comparación con otros alimentos como las espinacas, el brócoli, algunos cereales, el tofu o la leche de soja, que son ricos en calcio, pero con una baja disponibilidad para el organismo (ver revisión en <a href="http://pediatrics.aappublications.org/cgi/content/extract/110/4/826">Goldberg <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2002</a>). Muchos estudios relacionan el consumo de leche en edades tempranas con una disminución en el riesgo de osteoporosis en la edad adulta (ver una revisión en <a href="http://www.jacn.org/cgi/content/abstract/19/suppl_2/83S">Heaney 2000</a>). Otros estudios, por el contrario, apuntan a que ni la leche ni la ingesta de calcio por encima de los 500 mg diarios parecen tener un efecto beneficioso sobre los huesos de los niños (ej. <a href="http://ajph.aphapublications.org/cgi/content/abstract/87/6/992">Feskanich <span style="font-style: italic;">et al.</span> 1997</a>, <a href="http://pediatrics.aappublications.org/cgi/content/abstract/106/1/40">Lloyd <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2000</a>, <a href="http://www.springerlink.com/content/hnanbfeck22fdpd7/">Kanis <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2005</a>). Una revisión de 37 estudios (<a href="http://pediatrics.aappublications.org/cgi/content/abstract/115/3/736">Lanou <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2005</a>) en dónde se relacionaba el consumo de lácteos con la salud de los huesos evidenció una ausencia de relación entre la ingesta de leche y varios indicadores de la salud de los huesos en la mayoría de los casos (28), mientras que, en unos pocos casos (9), se detectó un efecto positivo (si bien muy pequeño) del consumo de leche en la salud de los huesos.</span></p> <p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;"><span style="font-weight: bold;">Lo que debemos de comprender es que los riesgos de fractura de huesos no están necesariamente ligados con la ingesta de calcio. Unas cantidades mínimas de calcio son requeridas, por supuesto, pero hay otros factores que pueden ser más importantes en la absorción del mismo. Uno es el ejercicio físico que, en dosis moderadas, favorece notablemente la absorción de calcio (</span><a style="font-weight: bold;" href="http://pediatrics.aappublications.org/cgi/content/abstract/106/1/40">Lloyd <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2000</a><span style="font-weight: bold;">). Otro parece ser la ingesta de proteínas.</span> Algunos estudios han relacionado las dietas altas en proteína de origen animal y el sodio (sal) con una descalcificación de los huesos (<a href="http://jn.nutrition.org/cgi/content/abstract/128/6/1051">Barzel y Massey 1998</a>, <a href="http://www.springerlink.com/content/jhphtup0jne8u63k/">Frasseto <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2001</a>). La Organización Mundial de la Salud (OMS), explica que el consumo elevado de proteínas, sobre todo de origen animal, podría contrarrestar los efectos de una alta ingesta de calcio en la dieta" y recomienda el ejercicio físico, reducir la ingesta de sales y aumentar el consumo de frutas y verduras para favorecer el fortalecimiento de los huesos (<a href="ftp://ftp.fao.org/es/esn/nutrition/Vitrni/vitrni.html">OMS/FAO 1998</a>). Así se da la paradoja de que la mayor incidencia de osteoporosis se produce en EEUU y en países occidentales, que son los principales consumidores de leche a nivel mundial, mientras que permanece bajo en Asia y África donde el consumo de leche es realmente bajo o, en muchos casos, inexistente.</span></p> <p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">En conclusión, no está muy claro que la ingesta de leche realmente satisfaga las necesidades de calcio debido al problema de su absorción. En países con dietas muy ricas en proteínas animales y sales, como EEUU, los requerimientos de calcio serán mayores que en países con dietas más equilibradas y ricas en frutas y verduras. Si la leche no fuera asociada a determinadas enfermedades, como veremos más adelante, no habría mayor problema en cuanto a obtener la fuente de calcio de la leche o de otros alimentos, lo cual está comprobado que es posible. Sin embargo, la polémica no acaba aquí.<b>
<br /></b></span></p><p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;"><b>La intolerancia a la lactosa</b></span></p> <p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">Los bebés tienen una enzima, que es la lactasa, que permite metabolizar el azúcar de la leche (la lactosa). Este enzima va desapareciendo con el destete, más o menos a partir del año, aunque parece que en la raza blanca permanece por más tiempo que en la raza negra o asiática (<a href="http://www.ajcn.org/cgi/content/abstract/48/4/1079b">Scrimshaw y Murray 1988</a>). Cuando carecemos de estas enzimas, la lactosa deja de ser metabolizada en el intestino delgado y pasa al intestino grueso, dónde la lactasa es atacada por bacterias, produciendo fermentaciones (gases), cólicos, diarreas, etc.</span></p><p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;"><span style="font-weight: bold;">La intolerancia a la lactosa es la norma más que la excepción</span> (<a href="http://pediatrics.aappublications.org/cgi/content/extract/112/2/448-a">Barnard 2003</a>). Muchos problemas de digestión o cólicos frecuentes podrían tener su origen en el consumo de lácteos. En otros casos, la respuesta no es tan inmediata ni tan visible, y las personas que tienen intolerancia a la lactosa pueden tolerar relativamente bien los productos lácteos (<a href="http://pediatrics.aappublications.org/cgi/content/extract/110/4/826">Goldberg et al. 2002</a>), sin que se produzcan ninguno de estos síntomas a corto o medio plazo. Sin embargo, cabe la duda de si pueden aparecer efectos a largo plazo. Por otro lado, algunas personas sí tienen lactasa y son por tanto capaces de digerir este carbohidrato, por lo que para ellos el consumo de leche no sería ningún problema. Esto es más frecuente en las poblaciones del norte de Europa, mientras que en los países mediterráneos se estima que cerca del 90% de la población tiene intolerancia a la lactosa.</span></p> <p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;"><b>Mucosidades y alergias</b></span></p> <p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">Además de la lactosa, que es algo que la leche de vaca comparte con la leche humana, <span style="font-weight: bold;">la leche de vaca tiene un 300% más de caseína que la leche humana</span>. La caseína es <span style="font-weight: bold;">una proteína muy densa que obstruye el sistema respiratorio</span>. La reacción más común de nuestro sistema inmunológico frente a la absorción de proteínas extrañas es la secreción de moco en la nariz y la faringe. La acumulación constante de mocos puede agravar un resfriado común, derivando en rinitis, sinusitis, bronquitis, otitis, neumonía e infecciones de oídos. Diversos estudios han demostrado la relación entre el consumo de leche y el constipado crónico (<a href="http://www.jpeds.com/article/S0022-3476%2895%2970496-5/abstract">Iacono <span style="font-style: italic;">et al.</span> 1995</a>) el reflujo gastro-intestinal (<a href="http://pediatrics.aappublications.org/cgi/content/abstract/110/5/972">Salvatore y Vandenplas 2010</a>), diversos tipos de alergia y otitis (<a href="http://informahealthcare.com/doi/abs/10.1080/00016489950180199">Juntti <span style="font-style: italic;">et al.</span> 1999</a>, <a href="http://www.jacionline.org/article/S0091-6749%2807%2900991-8/abstract">Rona <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2007</a>).</span></p><p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;"><b>Otras consideraciones</b></span></p> <p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">El segundo informe de expertos del World Cancer Research Fund y el American Institute for Cancer Research (<a href="http://www.dietandcancerreport.org/">WCRF/AICR 2007</a>) sugiere que hay un mayor riesgo de sufrir cáncer de próstata en dietas con un alto contenido en calcio (como la leche, aunque no se refieren específicamente a ésta). También se ha establecido una relación entre el consumo de lácteos y la diabetes de tipo A (ej. <a href="http://pediatrics.aappublications.org/cgi/content/abstract/96/3/515">Scott 1995</a>, <a href="http://diabetes.diabetesjournals.org/content/49/6/912.short">Virtanen <span style="font-style: italic;">et al.</span> 2000</a>), aunque algunos autores como <a href="http://pediatrics.aappublications.org/cgi/content/extract/110/4/826">Goldberg <span style="font-style: italic;">et al.</span> (2002)</a> advierten de posibles sesgos en estos estudios. Además de estos problemas, muchos vegetarianos y omnívoros están limitando su consumo de leche como consecuencia del aumento de sustancias tóxicas en la leche, como hormonas, antibióticos y pesticidas o, en un plano más ideológico, porque la producción de leche promueve una degradación ambiental (<a href="http://www.fao.org/docrep/010/a0701e/a0701e00.HTM">Steinfeld et al. 2006</a>).</span></p><p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">Algunos autores pueden llegar a ser muy alarmistas y relacionan el consumo de leche casi con cualquier enfermedad, como por ejemplo el autismo, pero la evidencia científica que respalda estos argumentos es, en la mayoría de los casos, poco sólida o inexistente.</span></p> <p style="margin-bottom: 0in;font-family:arial;" align="JUSTIFY"></p><p face="arial" style="margin-bottom: 0in;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;"><b>Conclusiones</b></span></p> <p style="margin-bottom: 0in; font-family: arial;font-family:arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">De toda esta polémica científica se pueden extraer algunas conclusiones:</span></p> <ol style="text-align: justify;font-family:arial;"><li><span style="font-size:130%;">La leche no es imprescindible para la ingesta diaria de calcio. En muchas sociedades no se consume leche y no tienen ningún problema en alcanzar las cantidades diarias recomendadas de calcio, alcanzando un nivel de incidencia de enfermedades relacionadas con los huesos, como la osteoporosis, mucho menor que en países dónde el consumo de lácteos es alto, como EEUU o muchos de los países europeos.</span></li><li><span style="font-size:130%;">La importancia del calcio radica en su absorción, no en la cantidad ingerida, viéndose favorecida esta absorción por el ejercicio físico, las dietas bajas en sal y proteínas animales y ricas en frutas y verduras.</span></li><li><span style="font-size:130%;">Una gran parte de la población tiene intolerancia a la lactosa, lo que puede manifestarse en dolores intestinales, gases, cólicos, etc., aunque hay gente con intolerancia a la lactosa que, aunque no es capaz de metabolizar la lactosa, no sufre ninguno de estos síntomas.</span></li><li><span style="font-size:130%;">El alto contenido de la leche en proteínas como la caseína, en comparación con la leche humana, puede provocar mucosidad, catarros continuos, otitis y diferentes tipos de alergia.</span></li><li><span style="font-size:130%;">La relación del consumo de leche con otras enfermedades como la diabetes A o el cáncer de próstata no está todavía muy clara, por lo que tenemos que ser cautos con como manejamos esta información sin caer en el alarmismo.</span></li></ol> <p style="margin-bottom: 0in; font-family: arial;" align="JUSTIFY"> <meta equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"> <title></title> <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 3.0 (Linux)"> <style type="text/css"> <!-- @page { margin: 0.79in } P { margin-bottom: 0.08in } --> </style> </p><p style="margin-bottom: 0in; font-family: arial;" align="JUSTIFY"><span style="font-size:130%;">Como consumidores, no tenemos por qué dejar de lado el consumo de los productos lácteos. En lo que a mi respecta seguiré tomando queso y yogur, aunque posiblemente limite un poco más mi consumo a partir de ahora. El mayor problema lo veo en el grado de desinformación que tienen los supuestos expertos en salud (nutricionistas, dietistas, pediatras, etc.), que promueven alegremente el consumo de productos lácteos como parte de nuestra dieta básica. Esto es especialmente relevante en el caso de los niños, a quienes se recomienda el consumo de dos y tres vasos de leche al día, además de queso, yogurt, etc. ¿Es que estos profesionales no se actualizan, no leen, no tienen una mentalidad crítica ante los conocimientos aprendidos durante su época de formación, no se cuestionan que puedan estarse equivocando? <span style="font-weight: bold;">Dar a nuestros hijos tres vasos de leche al día, solamente porque creemos que sin la leche no van a tener un crecimiento adecuado ni van a tener los huesos fuertes, es un acto sin fundamento, y en parte arriesgado, a la vista de las evidencias científicas.</span> Debemos, eso sí, promover el consumo de otros alimentos ricos en calcio y promover una serie de pautas que favorezcan la absorción del mismo. Ahí lo dejo.</span></p> <p></p> Luis Cayuelahttp://www.blogger.com/profile/05477985823195683711noreply@blogger.com3