Curso de series temporales aplicadas a datos ambientales

En mayo, se impartirá la primera edición del curso titulado "Series temporales aplicadas a datos ambientales" en el Centro Andaluz de Medio Ambiente (CEAMA), en Granada. El curso lo impartiremos Ana Justel, profesora del Departamento de Matemáticas de la Universidad Autónoma de Madrid, y yo.

El curso ofrece la oportunidad de aprender los principales métodos y herramientas para el análisis estadístico de series temporales. Los objetivos principales de estos métodos son la predicción e interpretación de la evolución de fenómenos que se observan en intervalos regulares de tiempo. Mediante un enfoque práctico se pretende que a lo largo del curso los asistentes aprendan las principales técnicas para llevar a cabo un correcto análisis descriptivo de una serie temporal, trabajen con distintos métodos para el filtrado y extracción de tendencias y ciclos estacionales, y sean capaces de aplicar la metodología Box-Jenkins para la modelización ARIMA de series temporales.

Pronto publicaremos un manual con el material del curso, que se sumará a los ya publicados anteriormente sobre análisis de datos en ecología.

Esperamos que este curso sea de vuestro interés.

Nueva versión del paquete TPL (v. 1.1)

No se ha hecho esperar la nueva versión 1.1. del paquete TPL (anteriormente v. 1.0) para realizar la estandarización taxonómica de nombres de plantas utilizando una conexión en línea al portal de The Plant List. Gracias a los comentarios de varios colegas, he corregido unos cuantos bugs, afinado los mecanismos de búsqueda de sinónimos, variedades y subespecies y, aprovechando la coyuntura, he reducido significativamente el código (en aproximádamente un 40%) sin perder funcionalidad. Esto último no es de interés para el usuario estándar, pero para aquellos que quieran utilizar el código fuente para modificarlo con posterioridad, sí será de gran utilidad, ya que el código ahora es algo más legible y está mejor estructurado.

He probado el paquete con varias bases de datos de plantas, una propia que he sacado del proyecto BIOTREE-NET, con más de 5000 nombres de árboles para toda Centroamérica, una lista de 3047 nombres de plantas (procedentes del Banco de Datos de Biodiversidad de la Generalitat Valenciana) que me ha pasado Jaume Tormo, una lista de 1122 nombres de briófitos que me ha pasado Íñigo de la Cerda-Granzow, una lista de 238 árboles de la Reserva del Triunfo, en México, que me ha pasado Neptalí Ramírez-Marcial, y un listado de 1188 nombres de árboles de la Amazonia procedentes de Kalle Ruokolainen (disponible en el paquete de R 'betaper'). El código ha funcionado bien para todas ellas.

¡Ojo! Esto no quiere decir necesariamente que el código no cometa errores a la hora de buscar la información dentro de TPL (no es tan sencillo como parece,... sólo hay que mirar el código fuente para ver la gran variedad de situaciones que podemos encontrarnos). Aunque he hecho comprobaciones manuales (remitiéndome a TPL) con nombres elegidos al azar y aparentemente todo funciona bien, sería conveniente que los usuarios finales hagan verificaciones de este tipo, sobre todo en estas primeras etapas, y me comuniquen si encuentran alguna incoherencia entre los resulutados obtenidos en R y lo que realmente dice TPL.

Pero cuidado con lo que interpretamos como error. En la lista que me pasó amablemente Jaume Tormo, encontré algunos nombres que, aunque existían en TPL, la función los intepretaba como que no estaban allí (argumento 'Plant.Name.Index' = FALSE). Algunos ejemplos de ésto son Xanthium strumarium o Hyoseris scabra. ¿Qué ocurre entonces? La razón es, que al acceder a TPL desde R, lo que hacemos es leer un archivo *.csv. Y en algunos casos estos archivos están mal formateados (problema de entrada de los datos en TPL). En estos dos casos particulares, la información de 'Genus' y 'Species' estaban en las columnas de 'Genus.hybrid.marker' y 'Species.hybrid.marker' respectivamente. Con esto, la función acaba por no identificar el nombre y lo da como que no está en TPL. Lo malo es que tampoco es fácil identificar esto como un caso de tabla mal formateada de forma automática, por lo que la columna 'WFormat' arroja, de forma incorrecta, un valor FALSE. Se podría hacer algo al respecto pero la variabilidad en la forma en la que las tablas vienen mal formateadas es tan grande que incorporar todos estos posibles casos al código sería una pesadilla. En cualquier caso, son pocos nombres a los que les ocurre esto. Lo mejor es comprobar los casos que tienen el argumento 'Plant.Name.Index' = FALSE uno por uno y ver si alguno de ellos está realmente en TPL y no ha sido registrado por estos problemas.

Otra de las mejoras de esta nueva versión del paquete TPL es que el código corrige ahora con más exactitud los errores tipográficos en los nombres de las plantas. Los errores tipográficos son más comunes de lo que creemos. Es fácil poner una letra de más o de menos en un nombre complejo. A veces, es el subconsciente el que nos traiciona y acabamos llamando, por ejemplo, Marsilea bastardae a lo que viene siendo Marsilea batardae. De los listados revisados anteriormente, en todos había errores tipográficos, y la función TPL permite corregir con bastante exactitud muchos de ellos (siempre y cuando los errores estén en el epíteto específico). En el listado de más de 5000 plantas del proyecto BIOTREE-NET, identificamos, por ejemplo, 299 errores, que fueron corregidos automáticamente. Se pueden ver todos estos nombres y el consiguiente output de la función TPL aquí. Aparentemente todo está bien.

Bueno, creo que ya me he enrollado bastante. El paquete se puede descargar aquí en *.tar.gz (Linux): 

TPL_v.1.1.tar.gz 

o *.zip (Windows): 

TPL_v.1.1.zip 

Pues nada más... por favor, cualquier incidencia, sugerencia o comentario hacédmelo llegar. Y si todo funciona bien, también agradecería comentarios al respecto (e información sobre el número de nombres con el que se ha probado la función, etc).

¡Cruzad los dedos y... a correr el código!